Morphology Analysis
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WARNING: AUTO-GENERATED FILE FROM NEUROMORPHOVIS
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- Contents
* Soma: Found
* Apical Dendrite: 1
* Basal Dendrites: 5
* Axon: 1
- NumberTips
* Morphology : 221
* ApicalDendrite : 8
* BasalDendrite0 : 15
* BasalDendrite1 : 4
* BasalDendrite2 : 4
* BasalDendrite3 : 3
* BasalDendrite4 : 4
* Axon : 183
- TotalNumberSamples
* Morphology : 5687
* ApicalDendrite : 164
* BasalDendrite0 : 483
* BasalDendrite1 : 59
* BasalDendrite2 : 31
* BasalDendrite3 : 64
* BasalDendrite4 : 121
* Axon : 4765
- TotalNumberSections
* Morphology : 436
* ApicalDendrite : 16
* BasalDendrite0 : 29
* BasalDendrite1 : 7
* BasalDendrite2 : 7
* BasalDendrite3 : 5
* BasalDendrite4 : 7
* Axon : 365
- MaximumBranchingOrder
* Morphology : 25
* ApicalDendrite : 5
* BasalDendrite0 : 7
* BasalDendrite1 : 3
* BasalDendrite2 : 3
* BasalDendrite3 : 3
* BasalDendrite4 : 3
* Axon : 25
- TotalNumberBifurcations
* Morphology : 214
* ApicalDendrite : 7
* BasalDendrite0 : 14
* BasalDendrite1 : 3
* BasalDendrite2 : 3
* BasalDendrite3 : 2
* BasalDendrite4 : 3
* Axon : 182
- TotalNumberTrifurcations
* Morphology : 0
* ApicalDendrite : 0
* BasalDendrite0 : 0
* BasalDendrite1 : 0
* BasalDendrite2 : 0
* BasalDendrite3 : 0
* BasalDendrite4 : 0
* Axon : 0
- MaximumPathDistance
* Morphology : 1255.6335399857505
* ApicalDendrite : 218.12639605896584
* BasalDendrite0 : 232.76639043354095
* BasalDendrite1 : 85.76046596248813
* BasalDendrite2 : 167.63841348329146
* BasalDendrite3 : 200.15755086077877
* BasalDendrite4 : 166.98234858489775
* Axon : 1255.6335399857505
- MinNumberSamplePerSection
* Morphology : 2
* ApicalDendrite : 2
* BasalDendrite0 : 2
* BasalDendrite1 : 3
* BasalDendrite2 : 2
* BasalDendrite3 : 2
* BasalDendrite4 : 4
* Axon : 2
- MaxNumberSamplePerSection
* Morphology : 180
* ApicalDendrite : 25
* BasalDendrite0 : 62
* BasalDendrite1 : 23
* BasalDendrite2 : 9
* BasalDendrite3 : 36
* BasalDendrite4 : 46
* Axon : 180
- AvgNumberSamplePerSection
* Morphology : 12.428571428571429
* ApicalDendrite : 11
* BasalDendrite0 : 17
* BasalDendrite1 : 9
* BasalDendrite2 : 5
* BasalDendrite3 : 13
* BasalDendrite4 : 18
* Axon : 14
- MinSampleRadius
* Morphology : 0.05999999865889549
* ApicalDendrite : 0.16500000655651093
* BasalDendrite0 : 0.16500000655651093
* BasalDendrite1 : 0.16500000655651093
* BasalDendrite2 : 0.16500000655651093
* BasalDendrite3 : 0.16500000655651093
* BasalDendrite4 : 0.16500000655651093
* Axon : 0.05999999865889549
- MaxSampleRadius
* Morphology : 1.3350000381469727
* ApicalDendrite : 1.3350000381469727
* BasalDendrite0 : 1.3350000381469727
* BasalDendrite1 : 0.6650000214576721
* BasalDendrite2 : 0.6650000214576721
* BasalDendrite3 : 0.6650000214576721
* BasalDendrite4 : 1.3350000381469727
* Axon : 0.6650000214576721
- AvgSampleRadius
* Morphology : 0.3198041808221506
* ApicalDendrite : 0.44319017168001407
* BasalDendrite0 : 0.4112207364926879
* BasalDendrite1 : 0.3287529423143882
* BasalDendrite2 : 0.22928572197755176
* BasalDendrite3 : 0.27427125074018066
* BasalDendrite4 : 0.382419877342291
* Axon : 0.16948856520794087
- ZeroRadiiSamples
* Morphology : 0
* ApicalDendrite : 0
* BasalDendrite0 : 0
* BasalDendrite1 : 0
* BasalDendrite2 : 0
* BasalDendrite3 : 0
* BasalDendrite4 : 0
* Axon : 0
- MinimumLocalBifurcationAngle
* Morphology : 3.57796688368366
* ApicalDendrite : 14.36077599312849
* BasalDendrite0 : 3.57796688368366
* BasalDendrite1 : 70.29769830642992
* BasalDendrite2 : 7.5615555237812595
* BasalDendrite3 : 7.126075399529402
* BasalDendrite4 : 11.31791322474267
* Axon : 15.503735299323015
- MaximumLocalBifurcationAngle
* Morphology : 164.62658165366787
* ApicalDendrite : 148.31389894910677
* BasalDendrite0 : 164.62658165366787
* BasalDendrite1 : 145.9717325344207
* BasalDendrite2 : 32.43439896091534
* BasalDendrite3 : 40.207372349538616
* BasalDendrite4 : 69.68069456185505
* Axon : 164.55450027611604
- AverageLocalBifurcationAngle
* Morphology : 54.79114270994801
* ApicalDendrite : 59.22865026966889
* BasalDendrite0 : 57.78289915785343
* BasalDendrite1 : 99.0255463654828
* BasalDendrite2 : 23.570344516426136
* BasalDendrite3 : 23.666723874534007
* BasalDendrite4 : 44.051971879734346
* Axon : 76.21186290593644
- MinimumGlobalBifurcationAngle
* Morphology : 6.918482245153682
* ApicalDendrite : 12.486211718267695
* BasalDendrite0 : 20.99495689580395
* BasalDendrite1 : 80.50637715941022
* BasalDendrite2 : 15.886283224555337
* BasalDendrite3 : 7.126075399529402
* BasalDendrite4 : 11.318017437959172
* Axon : 6.918482245153682
- MaximumGlobalBifurcationAngle
* Morphology : 165.90597826963776
* ApicalDendrite : 148.31452764523257
* BasalDendrite0 : 165.90597826963776
* BasalDendrite1 : 132.58560296076877
* BasalDendrite2 : 33.38727336020986
* BasalDendrite3 : 45.17012872513692
* BasalDendrite4 : 64.21079225600904
* Axon : 165.87142731733383
- AverageGlobalBifurcationAngle
* Morphology : 55.476880057477906
* ApicalDendrite : 59.98141808711581
* BasalDendrite0 : 58.24565031888595
* BasalDendrite1 : 99.16099165655244
* BasalDendrite2 : 27.23598518189351
* BasalDendrite3 : 26.14810206233316
* BasalDendrite4 : 41.02299879690644
* Axon : 76.543014298658
- TotalLength
* Morphology : 26498.193337706034
* ApicalDendrite : 529.0521841214616
* BasalDendrite0 : 1432.23955733071
* BasalDendrite1 : 236.0524336088577
* BasalDendrite2 : 267.94364543177977
* BasalDendrite3 : 271.5942739228305
* BasalDendrite4 : 329.87536352403777
* Axon : 23431.435879766355
- MinSectionLength
* Morphology : 1.2646496157843208
* ApicalDendrite : 3.227477288051743
* BasalDendrite0 : 4.28785454903952
* BasalDendrite1 : 5.528009461441497
* BasalDendrite2 : 10.374612927397619
* BasalDendrite3 : 8.08992102349849
* BasalDendrite4 : 5.659314606119379
* Axon : 1.2646496157843208
- MaxSectionLength
* Morphology : 558.2615079768385
* ApicalDendrite : 124.15381204170153
* BasalDendrite0 : 137.10364311714886
* BasalDendrite1 : 66.85104237275387
* BasalDendrite2 : 79.93420493857023
* BasalDendrite3 : 132.6457956622429
* BasalDendrite4 : 133.2764744116459
* Axon : 558.2615079768385
- AvgSectionLength
* Morphology : 45.72748482409075
* ApicalDendrite : 33.06576150759135
* BasalDendrite0 : 49.38757094243828
* BasalDendrite1 : 33.72177622983681
* BasalDendrite2 : 38.277663633111395
* BasalDendrite3 : 54.3188547845661
* BasalDendrite4 : 47.1250519320054
* Axon : 64.1957147390859
- ShortSections
* Morphology : 0
* ApicalDendrite : 0
* BasalDendrite0 : 0
* BasalDendrite1 : 0
* BasalDendrite2 : 0
* BasalDendrite3 : 0
* BasalDendrite4 : 0
* Axon : 0
- MinSegmentLength
* Morphology : 0.0
* ApicalDendrite : 0.0
* BasalDendrite0 : 0.0
* BasalDendrite1 : 0.297696561036134
* BasalDendrite2 : 4.827986193639946
* BasalDendrite3 : 0.7487705405574987
* BasalDendrite4 : 0.28658018275114344
* Axon : 0.0
- MaxSegmentLength
* Morphology : 57.15801926333499
* ApicalDendrite : 15.199680657624153
* BasalDendrite0 : 12.127460137985686
* BasalDendrite1 : 11.197524720658858
* BasalDendrite2 : 12.211040059523555
* BasalDendrite3 : 17.86360903901528
* BasalDendrite4 : 9.846171586829948
* Axon : 57.15801926333499
- AvgSegmentLength
* Morphology : 4.456701954776611
* ApicalDendrite : 3.245718920990561
* BasalDendrite0 : 2.97145136375666
* BasalDendrite1 : 4.069869544980305
* BasalDendrite2 : 8.931454847725993
* BasalDendrite3 : 4.311020220997308
* BasalDendrite4 : 2.7489613627003138
* Axon : 4.918437422285141
- ZeroLengthSegments
* Morphology : 7
* ApicalDendrite : 1
* BasalDendrite0 : 2
* BasalDendrite1 : 0
* BasalDendrite2 : 0
* BasalDendrite3 : 0
* BasalDendrite4 : 0
* Axon : 4
- TotalSurfaceArea
* Morphology : 15072.204565157092
* ApicalDendrite : 968.7003855803688
* BasalDendrite0 : 1945.1852600355649
* BasalDendrite1 : 243.57706563937043
* BasalDendrite2 : 135.32190949717193
* BasalDendrite3 : 296.7549607543266
* BasalDendrite4 : 524.3699608254759
* Axon : 10958.295022824814
- MinSectionSurfaceArea
* Morphology : 1.336926541148448
* ApicalDendrite : 2.0335560703184106
* BasalDendrite0 : 5.063707364935611
* BasalDendrite1 : 13.673101760982057
* BasalDendrite2 : 3.5103162411133586
* BasalDendrite3 : 3.119796268786571
* BasalDendrite4 : 9.873105000116215
* Axon : 1.336926541148448
- MaxSectionSurfaceArea
* Morphology : 411.5977445935064
* ApicalDendrite : 235.23737392523108
* BasalDendrite0 : 222.0762544821435
* BasalDendrite1 : 73.99076298649736
* BasalDendrite2 : 49.72136682836458
* BasalDendrite3 : 140.5430556675553
* BasalDendrite4 : 169.50432113124134
* Axon : 411.5977445935064
- AvgSurfaceAreaPerSection
* Morphology : 49.433037936720666
* ApicalDendrite : 60.54377409877305
* BasalDendrite0 : 67.07535379432983
* BasalDendrite1 : 34.79672366276721
* BasalDendrite2 : 19.331701356738847
* BasalDendrite3 : 59.350992150865316
* BasalDendrite4 : 74.90999440363942
* Axon : 30.022726089931
- TotalVolume
* Morphology : 3510.0240317164144
* ApicalDendrite : 434.5469895718237
* BasalDendrite0 : 568.1468882923327
* BasalDendrite1 : 74.25079505082435
* BasalDendrite2 : 47.64474055249167
* BasalDendrite3 : 107.50766204849623
* BasalDendrite4 : 144.47046012773532
* Axon : 2133.4564960727103
- MinSectionVolume
* Morphology : 0.048360518819304116
* ApicalDendrite : 0.2760457025189627
* BasalDendrite0 : 1.5117485243959667
* BasalDendrite1 : 3.2162990594380627
* BasalDendrite2 : 0.8873392616914597
* BasalDendrite3 : 0.6919298674918404
* BasalDendrite4 : 1.8206356220128133
* Axon : 0.048360518819304116
- MaxSectionVolume
* Morphology : 172.4857613804339
* ApicalDendrite : 172.4857613804339
* BasalDendrite0 : 49.29131737319211
* BasalDendrite1 : 21.977818755761177
* BasalDendrite2 : 22.013006247104418
* BasalDendrite3 : 48.58140382057628
* BasalDendrite4 : 42.19063781555643
* Axon : 67.26200479369278
- AvgSectionVolume
* Morphology : 16.02133752329496
* ApicalDendrite : 27.15918684823898
* BasalDendrite0 : 19.591272010080438
* BasalDendrite1 : 10.607256435832051
* BasalDendrite2 : 6.80639150749881
* BasalDendrite3 : 21.501532409699244
* BasalDendrite4 : 20.638637161105045
* Axon : 5.8450862906101655
Orthographic front projection of the neuron
Orthographic side projection of the neuron
Orthographic top projection of the neuron
################################################################################
# ANALYSIS PARAMETERS
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# Analyse the morphology skeleton, 'yes/no'
ANALYZE_MORPHOLOGY_SKELETON=no