-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathbethnon.aligned.fasta.nexus.std.ckp~
112 lines (109 loc) · 14.9 KB
/
bethnon.aligned.fasta.nexus.std.ckp~
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
#NEXUS
[ID: 5594275849]
[generation: 9998000]
begin trees;
translate
1 _001737_1,
2 _001737_2,
3 _001737_22,
4 _001737_23,
5 _001737_24,
6 _001737_40,
7 _001737_51,
8 _001737_57,
9 _001737_70,
10 _001737_78,
11 _001737_85,
12 _001737_95,
13 _001737_106,
14 _001737_109,
15 _001737_120,
16 _001737_142,
17 _001737_143;
tree mcmc.tree_1 = ((((((7:4.970439247491280e-02,12:3.573327312796756e-02):3.862553935719328e-02,11:7.414540589474150e-02):1.909769433065674e-02,(14:2.239784408696365e-02,3:1.921048310962848e-02):1.366964806701536e-01):1.664895605006812e-02,(15:1.338186848431940e-01,((17:1.504811581735490e-01,(16:5.182541364809606e-02,5:3.327387815400408e-02):1.934062129227969e-02):1.887663728293690e-02,4:2.345873577341620e-02):8.637353308798264e-02):1.212192934218000e-01):3.056244588647765e-02,9:2.471249075830749e-02):2.725176894878270e-02,(((8:2.037644874897045e-02,(10:4.349323060372407e-02,13:3.209133430857494e-03):1.084432699843494e-02):5.756151472263386e-02,6:1.153072349854464e-02):5.235466409531191e-02,2:3.187311874358735e-02):6.208063574721137e-02,1:8.990536021358219e-03);
tree mcmc.tree_2 = ((8:1.222460990132902e-02,(((6:5.672741918487254e-03,10:8.994738525011856e-03):4.142680782838984e-03,13:9.304488920563096e-04):3.992881628706488e-02,(9:7.010040897655809e-02,((((((17:1.096536315353524e-02,5:6.055613918111229e-02):2.721288353697044e-03,4:1.969526831480553e-02):6.156560977953372e-02,16:1.270042677396928e-01):2.150532842336605e-02,(12:6.934236817837997e-03,11:6.135531297191058e-02):2.837482510642976e-03):2.819360517770985e-02,15:2.766546041714523e-01):1.084289743761228e-02,(7:1.537430953204242e-02,(3:1.111708663977206e-02,14:2.020620463527992e-02):4.078778500138881e-02):2.564233265613838e-02):4.564841786090468e-02):4.901534293376162e-03):2.608267197082663e-03):1.806716443196878e-02,2:1.002666216737010e-03,1:6.752760562367617e-03);
tree mcmc.tree_3 = ((((13:8.941283274123350e-03,(8:9.814506943280414e-03,6:2.269156718132570e-02):4.016106024870049e-05):4.023199951693872e-03,10:2.593768378501835e-02):6.150466518664771e-02,((9:2.954111267530136e-02,(11:3.207642917570128e-02,(((3:4.833565745385516e-02,14:5.371420050544784e-02):8.928562827428323e-02,7:7.170318765195937e-03):1.665784700209112e-03,12:2.390025578205400e-02):5.211601243314243e-03):2.882348699381657e-02):3.609571703151490e-02,((16:6.321137011046586e-02,((5:4.845055051547605e-02,17:3.923717043940672e-03):3.484448201242982e-02,4:4.101388053737568e-02):1.072581808152967e-01):3.090897779626264e-02,15:2.416288516342252e-01):4.758352012222930e-02):2.988783669588728e-02):2.829997927235292e-02,2:1.052655835717879e-02,1:1.243074976082573e-02);
tree mcmc.tree_4 = (((8:1.456186167672037e-02,(13:9.192991746713822e-03,((10:6.947894118727216e-02,6:1.126209490325989e-03):7.383023698992441e-03,((17:4.234755900518713e-02,5:2.950143642741882e-02):4.658017743531715e-03,4:5.540326353869717e-03):9.587314555782293e-02):1.001250936284193e-02):8.032670246466294e-03):2.516004991164091e-02,(7:3.849266841012243e-02,((((14:5.664934136288160e-02,3:5.100884919378536e-02):1.305529193409507e-02,(15:8.362731713951493e-02,16:1.298430941153710e-01):1.024406636873964e-01):3.529369127138191e-02,(11:1.583445603343427e-02,12:4.024882264569907e-02):4.786137027556029e-02):4.029250518594465e-02,9:9.427360546251999e-03):1.306061419781395e-02):1.193272472164675e-02):1.681528777693161e-02,2:2.048155689202185e-03,1:7.272205418603517e-03);
tree mcmc.tree_5 = ((((8:7.291739164882095e-02,(((17:6.929565039007477e-03,(5:3.220069250715165e-02,4:6.386798969306692e-04):2.702009676140185e-02):4.728672365460958e-03,16:3.082020210901727e-02):8.338345040395570e-02,(((15:5.486118843232893e-02,7:2.331754138661914e-03):3.052981353138838e-02,(10:2.016314691216336e-02,13:4.078733100543441e-02):3.175210294024594e-03):2.957757785708197e-02,6:3.230834106723326e-02):1.704237849947955e-02):7.673094016098475e-03):2.265668309990727e-02,9:5.092413872432638e-02):7.165403839377050e-03,2:1.070181042195663e-02):1.300079637190098e-02,((11:1.200498471992023e-02,12:6.055695899288843e-02):2.289440805075768e-02,(14:3.183718783162041e-02,3:6.283652336385577e-02):5.343118026616093e-02):6.616245948396966e-02,1:5.737861787908008e-03);
tree mcmc.tree_6 = (9:2.515620602389403e-02,(2:1.734227502389957e-02,((((8:1.597530585692017e-02,7:4.375491061509165e-03):1.554739061885099e-02,13:1.169683149743791e-02):2.648516968692961e-02,(6:7.669306742120715e-03,10:3.545948104882521e-02):1.039522945585406e-02):3.689993926111743e-03,((11:5.210540767078344e-03,12:6.485911989259135e-02):8.137456391826144e-03,(((15:6.687087064101505e-02,((5:3.354583781984645e-02,16:3.972542983485518e-02):4.475415403484267e-02,(4:1.896554897441760e-02,17:4.323607627887405e-02):3.441038382054634e-02):4.058896540073370e-02):4.049205942213835e-02,3:4.461503128881877e-02):7.555467133694596e-04,14:2.958795458254653e-02):3.515815468348907e-02):2.575557907957611e-02):9.131824436550572e-03):1.130167186218674e-02,1:3.519780523220727e-02);
tree mcmc.tree_7 = ((((2:6.331979175005858e-03,8:6.948865138171936e-03):1.017974977387225e-02,(11:3.899183022123477e-02,((((17:2.850435416163066e-03,4:1.353857598104419e-02):1.149279721492601e-01,(15:1.098204505247764e-01,(5:1.427048717765889e-01,16:3.449725790356471e-02):1.328101540949703e-02):4.616272628518402e-03):1.045672599088236e-01,(3:5.051077790099111e-02,14:1.290072084473382e-02):1.635087500389009e-02):7.983282448343547e-02,12:2.624888098382809e-02):1.008298071776232e-02):2.824538068762501e-02):1.406410756482774e-02,9:3.397108579695647e-02):2.055079940437542e-02,(((6:1.671446097959403e-02,10:5.329103023225568e-02):3.557469045753239e-02,13:9.631074652923604e-03):4.204333565514738e-03,7:1.724618239724550e-02):4.463604427838896e-02,1:5.976551948539502e-03);
tree mcmc.tree_8 = (7:1.165656950904698e-02,(((9:1.178983799820804e-02,(6:9.321535849351338e-03,((12:4.696145739013000e-02,(((3:5.165136703817765e-02,14:4.395292789727722e-02):5.321085497169698e-02,((16:5.237020412733415e-02,(5:5.880818278392169e-02,(17:3.754870069237477e-02,4:9.851130385808306e-02):6.575377098267048e-03):2.389854122419015e-01):1.801927780641555e-01,15:1.310370091807830e-01):4.258580235799093e-02):2.266658937823482e-02,11:6.796058811186889e-02):1.554485938720906e-03):3.636101834672950e-02,8:2.321600126629585e-03):1.460108514911395e-02):1.165577598624489e-02):9.685979221211480e-03,2:8.561850121912417e-03):1.041787336557981e-02,(10:2.150851988769812e-02,13:1.397937541357480e-02):7.551672187295541e-02):1.325790744034755e-02,1:3.992263754557316e-03);
tree mcmc.tree_9 = ((2:1.190098624013090e-02,((11:2.418336757600636e-02,((3:4.502834117465686e-02,7:9.491609484036815e-04):1.165654168072603e-02,14:1.879916693886576e-04):5.776177301132616e-02):3.128034644521497e-03,(((16:9.778703903358631e-02,17:3.327764151493452e-02):1.703747596682520e-02,(4:2.058497678361915e-02,5:3.196334715496892e-02):3.214490044907165e-02):9.156819862706486e-02,(15:1.371426836668478e-01,12:2.072266816466845e-02):2.353134985334199e-02):8.856145650518895e-03):7.564682590442560e-03):2.496390039952601e-02,(9:2.420307861443069e-03,(((8:3.037409744915887e-03,6:2.380490643673012e-03):6.502174184927569e-03,13:2.790083166267084e-03):3.106968463531942e-02,10:3.095657717693755e-02):1.449797761428665e-02):5.125847240463335e-03,1:2.177893720426098e-02);
tree mcmc.tree_10 = ((2:2.744680868856451e-03,9:1.011141597653088e-02):4.290726758244310e-02,((((12:3.035940241704473e-02,((11:5.000550160200865e-03,7:7.010280093704137e-02):5.704425154357205e-03,((14:1.148125667652598e-02,(17:1.546578635910635e-02,((5:5.980875375673841e-02,16:1.037643215294268e-01):3.736284386216651e-02,4:3.630506900340308e-02):4.037123211619963e-02):5.082545245072124e-02):3.206392353416104e-02,(15:7.904561077402938e-02,3:1.019940841278225e-01):1.024802154459749e-02):2.865435224262746e-02):1.297875206034883e-02):3.463038108070353e-02,8:4.620485571829486e-03):1.048665480546897e-02,13:3.420256356283433e-02):1.251646636573842e-02,(6:8.027316697023097e-03,10:3.420977469928495e-02):1.271288868823539e-02):4.637012911184192e-03,1:1.364708611284608e-03);
tree mcmc.tree_11 = (2:2.135384603790042e-02,((8:1.430770269342296e-02,((10:2.729680969273409e-02,(13:7.265521300625540e-03,6:9.019537484680557e-03):1.340229812905887e-02):2.449171734903893e-02,(12:5.274970392348525e-02,((15:3.775758679393991e-01,((3:3.605534868829732e-02,14:8.674290833588352e-02):3.439983984753030e-02,7:8.297850215484030e-04):2.932388011382137e-02):8.281815303010648e-02,11:5.042209192514429e-03):6.774490575001973e-02):7.321005966318475e-02):2.653049510195099e-03):1.028848364825230e-02,(9:3.791345747576235e-02,(((17:5.778280387854609e-02,4:5.158033759196604e-02):5.747007727079884e-02,5:1.234910084278889e-01):6.989045997390472e-02,16:1.087475678193442e-01):7.653701729921027e-02):4.181018507295884e-02):1.112599092306179e-02,1:6.953118547262719e-03);
tree mcmc.tree_12 = (((6:2.354696336948543e-03,(8:6.750134403995973e-03,(7:4.930104026727844e-02,(13:2.199488864035514e-03,(10:2.394471663873179e-02,15:9.605498004049350e-02):3.358076767898260e-03):1.263790886607822e-02):4.872915526511275e-03):1.489550360620146e-02):9.873930825795586e-03,(9:6.113249569328398e-03,((((3:1.525441629971686e-02,14:1.384003479233051e-02):8.962223693398780e-02,11:3.679943100354387e-02):1.125679023845479e-03,12:1.032197076287850e-01):1.543563810313944e-02,(4:3.505844655687743e-03,(17:2.541806380125722e-02,(16:7.768067015271892e-03,5:6.743671155097573e-04):4.560698999895282e-02):1.658625732939920e-02):7.321485340320631e-02):3.870839069416983e-02):4.037199460711938e-02):8.551378398847088e-02,2:1.969309334291496e-02,1:6.415477275129781e-03);
tree mcmc.tree_13 = (2:2.156302226398949e-02,((8:4.961909656552124e-02,(7:4.872926752968222e-02,((12:9.212647777858636e-02,((16:2.607656087731181e-02,((15:1.955316432087224e-01,(5:2.574003856515212e-02,4:1.028451447104048e-02):6.332972564109166e-02):1.488705808991869e-03,17:2.897455872743987e-03):6.730336294430322e-02):4.794339649459461e-02,(14:8.895489689760833e-02,3:6.272136105633470e-02):7.613453352440387e-03):2.478285868218840e-02):9.918273350009277e-03,11:3.229387084831149e-02):1.416997323348953e-02):6.746206172287758e-03):3.622787293911718e-02,((13:6.609269809716291e-04,(10:2.619179764159862e-03,6:2.569735451635159e-02):1.200197390199806e-02):2.217251899544456e-02,9:8.775607580840956e-03):1.363151374562987e-02):9.841388322168959e-03,1:5.585249511563777e-02);
tree mcmc.tree_14 = (((((13:4.378714885194479e-03,6:7.900532047265780e-03):2.660891427019482e-03,(10:6.666127511957955e-02,8:2.231593557210212e-02):3.148970243534156e-03):4.035805787809298e-02,2:1.047304607327642e-03):1.079009238619872e-02,((((15:6.794388666430667e-02,7:7.977121550071669e-03):5.977663136457357e-02,(3:1.903827641912856e-02,14:1.059305455059102e-01):4.580801334365567e-02):5.601586850628460e-02,(17:2.656650826325313e-02,((5:4.686305781238639e-02,16:3.453482122301658e-02):5.229131211663186e-02,4:1.026597482234690e-03):5.173088502901678e-02):2.652666532119755e-02):7.455120345382683e-04,(12:6.847707912190737e-02,11:3.258974718012623e-02):3.161255009407374e-03):1.723628019005069e-02):6.626758945048661e-03,9:5.192963226999137e-03,1:6.050635976320120e-03);
tree mcmc.tree_15 = ((9:2.756394937021827e-02,((((5:1.300681533874574e-02,16:6.596515401987088e-02):1.568159512793138e-02,4:1.628994643852871e-02):4.477756765644988e-03,17:1.022278639933938e-02):3.094575103888173e-02,((3:2.100505841852637e-02,14:3.675898854381055e-02):3.747390583536777e-02,(11:4.837354298535970e-02,12:4.002667233962635e-02):7.204880074147600e-03):5.702122466825554e-02):2.149586496098388e-02):2.031663870447301e-02,(((13:3.472593500583766e-03,15:1.335323516290159e-01):4.117238427474150e-02,(7:7.947248923937980e-02,10:2.364857572707120e-02):4.104632006740860e-02):9.769648421598319e-03,((2:8.837757475058732e-03,8:1.602911094739709e-02):7.056787464424916e-02,6:3.431845216594533e-03):1.364784051706979e-03):4.169314852749850e-02,1:5.003730356312797e-03);
tree mcmc.tree_16 = (8:2.648226486425892e-03,(((((11:6.546777210303588e-02,12:3.891444654551197e-02):1.470402479131411e-02,(((3:3.106279384882358e-02,15:1.143676762205474e-01):6.092161502826508e-02,14:9.210385554160129e-03):7.239682706520086e-03,7:1.724341598068972e-02):4.819356187665447e-02):3.341227922796852e-03,(4:2.128533941915098e-02,((5:8.998098862153428e-02,16:3.430399568110021e-02):5.700158362405926e-02,17:2.759748074221155e-03):7.427427540549101e-03):4.194237746792814e-02):4.445277485509994e-02,(2:2.333036224789125e-04,((6:1.066066049819244e-02,13:9.785478054526627e-04):1.377452748073489e-03,10:4.155709139920814e-02):1.819843296702086e-02):1.947449747772760e-02):1.540736830283740e-02,9:3.059246982078037e-02):7.699288871516618e-03,1:6.522999156520805e-04);
end;
begin mrbayes;
startvals
Tau(1,4)=mcmc.tree_1
Tau(1,1)=mcmc.tree_2
Tau(1,2)=mcmc.tree_3
Tau(1,3)=mcmc.tree_4
Tau(2,1)=mcmc.tree_5
Tau(2,4)=mcmc.tree_6
Tau(2,2)=mcmc.tree_7
Tau(2,3)=mcmc.tree_8
Tau(3,3)=mcmc.tree_9
Tau(3,2)=mcmc.tree_10
Tau(3,4)=mcmc.tree_11
Tau(3,1)=mcmc.tree_12
Tau(4,3)=mcmc.tree_13
Tau(4,1)=mcmc.tree_14
Tau(4,4)=mcmc.tree_15
Tau(4,2)=mcmc.tree_16
V(1,4)=mcmc.tree_1
V(1,1)=mcmc.tree_2
V(1,2)=mcmc.tree_3
V(1,3)=mcmc.tree_4
V(2,1)=mcmc.tree_5
V(2,4)=mcmc.tree_6
V(2,2)=mcmc.tree_7
V(2,3)=mcmc.tree_8
V(3,3)=mcmc.tree_9
V(3,2)=mcmc.tree_10
V(3,4)=mcmc.tree_11
V(3,1)=mcmc.tree_12
V(4,3)=mcmc.tree_13
V(4,1)=mcmc.tree_14
V(4,4)=mcmc.tree_15
V(4,2)=mcmc.tree_16
;
propset
Multiplier(V)$lambda(1,4)=1.190114078702035e+01
Multiplier(V)$lambda(1,1)=1.055536498425649e+01
Multiplier(V)$lambda(1,2)=1.190114078702035e+01
Multiplier(V)$lambda(1,3)=1.190114078702035e+01
Multiplier(V)$lambda(2,1)=1.166548241027427e+01
Multiplier(V)$lambda(2,4)=1.120807230240871e+01
Multiplier(V)$lambda(2,2)=1.214155977876523e+01
Multiplier(V)$lambda(2,3)=1.214155977876523e+01
Multiplier(V)$lambda(3,3)=1.143449038203413e+01
Multiplier(V)$lambda(3,2)=1.143449038203413e+01
Multiplier(V)$lambda(3,4)=1.120807230240871e+01
Multiplier(V)$lambda(3,1)=1.166548241027427e+01
Multiplier(V)$lambda(4,3)=1.190114078702035e+01
Multiplier(V)$lambda(4,1)=1.120807230240871e+01
Multiplier(V)$lambda(4,4)=1.166548241027427e+01
Multiplier(V)$lambda(4,2)=1.143449038203413e+01
TLMultiplier(V)$lambda(1,4)=1.852681890695335e+00
TLMultiplier(V)$lambda(1,1)=1.890108547530682e+00
TLMultiplier(V)$lambda(1,2)=1.890108547530684e+00
TLMultiplier(V)$lambda(1,3)=1.909104454240582e+00
TLMultiplier(V)$lambda(2,1)=1.834247397873008e+00
TLMultiplier(V)$lambda(2,4)=1.928291272986829e+00
TLMultiplier(V)$lambda(2,2)=1.890108547530684e+00
TLMultiplier(V)$lambda(2,3)=1.928291272986829e+00
TLMultiplier(V)$lambda(3,3)=1.928291272986829e+00
TLMultiplier(V)$lambda(3,2)=1.815996331319018e+00
TLMultiplier(V)$lambda(3,4)=1.987016485032277e+00
TLMultiplier(V)$lambda(3,1)=1.815996331319017e+00
TLMultiplier(V)$lambda(4,3)=1.928291272986829e+00
TLMultiplier(V)$lambda(4,1)=1.744790096670675e+00
TLMultiplier(V)$lambda(4,4)=2.047530146041890e+00
TLMultiplier(V)$lambda(4,2)=1.947670922467290e+00
;
end;