07-plots.Rmd

# Visualisation des données

## Histogrammes

### Avec R de base

Histogramme des valeurs d’expression pour l’échantillon WT1

```{r}
hist(exprs$WT1)
```

Histogramme du logarithme de ces valeurs

```{r}
hist(log(exprs$WT1))
```

```{r}
hist(log10(exprs$WT1))
```

```{r}
hist(log2(exprs$WT1))
```

### Avec ggplot2

```{r}
library(ggplot2)
ggplot(exprs, aes(x=WT1)) + geom_histogram()
```

## Boîtes à moustaches (boxplots)

### Avec R de base

Boite à moustache des valeurs d’expression pour l’échantillon WT1

```{r}
boxplot(exprs$WT1)
```

Boite à moustache du logarithme de ces valeurs

```{r}
boxplot(log(exprs$WT1))
```

```{r}
boxplot(log2(exprs$WT1))
```

```{r}
boxplot(log10(exprs$WT1))
```

Boite à moustache des valeurs d’expression pour les 4 échantillons

```r
boxplot(exprs)
```

```{r}
## ignorer la première colonne
boxplot(exprs[,-1])		
```
		
```{r}
boxplot(log2(exprs[,-1]))
```

```{r}
boxplot(exprs[,-1], log = "y")
```

```{r}
## afficher les étiquettes des axes horizontalement
boxplot(exprs[,-1], log = "y", las = 1) 
```

```{r}
## Encore plus beau
boxplot(exprs[,-1], log = "x", las = 1, horizontal = TRUE) 
```
		
## Nuage de points

Expressions KO1 vs WT1

```{r}
plot(x = log(exprs$WT1), y = log(exprs$KO1))
```

Personnalisation des paramètres graphiques

```{r}
plot(x = log(exprs$WT1),				## données pour l’abscisse
     y = log(exprs$KO1),					## données pour l’ordonnée
     main = "Expression KO1 vs WT1",	## Titre principal
     xlab = "WT1",						## légende de l’axe X
     ylab = "KO1",						## légende de l’axe Y
     pch = 16,							## caractère pour marquer les points
     las = 1,							## écrire les échelles horizontalement
     col = "red")						## couleur des points
grid()								## ajout d’une grille
abline(a = 0, b = 1)						## ajouter la droite X = Y (intercept a = 0, pente b = 1).
```