Journal

####  Suivi des réunions ###

16/11 :
  Point sur le codage de l'algo EM (gaussien multivarié) : code corrigé par Christophe
  Objectif mélange d'arbres

17/11
  Début mélanges d'arbres, point sur l'heuristique de l'EM avec Stéphane. Rédaction de l'EM.
 
20/11
  Fin rédaction EM
  Réflexion avec Christophe : calcul vraisemblance Chow gaussien, suite EM mélange d'arbres (résolution proba qu'une arête
  appartienne à un arbre cf argmax sum (q_i log(p_i) )
  
22/11
  Correction vraisemblance Chow gaussien, mise à jour du doc
  Réflexion ensemble sur l'étape E de l'EM avec mélange d'arbres : conclusion beta/B proportionnel à tau
  
29/11
  Lecture article S.Krishner : généralisation de ce qu'on fait, mais copules pas possibles en discret par la suite.
  Idée d'incorporer rapidement des covariables au programmes, car jouent sur la moyenne de régression multivariée,
  pas la variance qui est elle l'objet de l'EM
  
04/12
  Essai calcul EMV de la corrélation pour simplification de l'expression des psi_kl (pour factorisation sous la forme qu'on croit)

05/12
  Réflexion sur les calculs : trop compliqués pour un but simple, prise de recul
  Reprise de l'écriture de la vraisemblance avec le déterminant de la matrice de précision de l'arbre, et la trace
  Livres de Lauritzen et Andersen

[...]
15/01/18
  Modèle posé : un arbre commun à tous les échantillons
  Discussion sur les astuces numériques, pour le moment se restreindre à des petits échantillons
  Correction de la formule de psi (malentendu depuis 1 mois) et de la mise à jour des betas
  Refonte des notes

27/02/18
	Code TreeGGM adapté de Stephane (diagramme des fonctions fait)
	Calculs sur serveur pour comparaison avec glasso et variation paramètres d prob u et n
	Gestion des erreurs avec try, début test post-mortem
	PLN : écriture au propre des formules, étude faisabilité VEM

[...]
05/04/18
	Code treeGGM fonctionne (comparaison avec le code de Stéphane ok)
	Mise à jour de R
	Exploration package GGMSelect
	Enregistrement des constantes de diagonal (omega pour inversion)

11/04/18
	Les probas beta de sortie de MixTreeGGM sont calibrées pour une structure d'arbre, elles ne sont pas agnostiques de l'hypothèse. Sur papier : formule d'ajustement (redresseent) des probas pour seuillage ?
	Couche PLN mise en place

12/04/18
	Refonte de la structure de sauvegadre + augmentation du nombre de graphs testés sur chaque point( vs nombre de données générées à partir dechaque graph)

12/04/18
	Données Oak : construction des modèles emboîtés

18/04/18
	Simulations terminées GAUssien serveur ET PLN local

24/04/18
	Réunion Avec Mathieu et Sophie de la Rochelle

25/04/18
	Etude degré des noeuds oak en fonction du nombre de covariables

28/04/18
	Soumission abstract JOBIM

02/05/18
	Début réflexion sur le VEM de PLN et inclusion treeGGM dedans
	Exposé sur le tidyverse

03/05/18
	Comparaison des arêtes communes entre notre EM et le glasso sur les données oak avec le modèle complet (4 covariables)

07/05/18
	Réécriture du VEM de PLN, étude du calcul de la lower bound.
	/!\ nouvelle idée : inférer dans la couche des Y directement, ave le package poilog

09/05/18
	Exploration package poilog

12/05/18 au 16/05/18
	Ecole d'Aussois :
		Réflexion sur l'inférence du réseau dans la couche Y : revient au même modèle que précédemment ? Ne devrait pas car P(Y) ne se factorise pas en arbre pour l'inférence dans la couche Z (du moins on ne le voit pas). Il faudrait s'assurer que ces modèles sont bien différents (densités joints P1(Y) et P2(Y) différentes), sinon pb existentiel.
		Présentation ok le 15/05 au soir, nouvelles slides.
		Super cours de J. Josse.


06/06/18
	Mise au point code SimuPLN par Metropolis-Hastings
12/06/18
	Code inférence direct, révision du paramètre lambda d'optimisation des betas
15/06/18
	Etude du lien entre omega, sigma, les corrélations et corrélations partielles
21/06/18
	Révision abstract jobim, slides
26/06/18
	Echec simulation données compositionnelles 
	Prise en compte d'offset et covariables dans oak
	SpiecEasi
	Simu avec covariables mais sans offset

03/07 au 06/07/18 JOBIM
10/07/18 comité