update: quick-start and apps usage

Author: Cloudac7

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@@ -7,20 +7,19 @@
 
 由于受水平和时间所限，错误和不妥之处在所难免，欢迎指出错误和改进意见，我们将尽力完善。
 
-## 目录
-
 本使用文档包含以下主要内容：
 
 1. [平台简介](introduction/index.md)：介绍平台资源
 2. [重大更新公告](introduction/updates.md): 汇总智算中心重大更新相关公告信息
-3. [开户流程](introduction/register.md): 介绍开户流程
-4. [用户登录与文件传输](usage/login.md)：如何登录集群和进行文件传输
-5. [分区（队列）管理](usage/partition.md)：分区和队列的设置和收费标准
-6. [SCOW算力平台](usage/scow.md)：SCOW平台的使用说明
-7. [Slurm作业调度系统](slurm/index.md)：详细介绍Slurm的各项功能和使用方法
-8. [应用软件及脚本](./usage/app.md)：如何使用平台上的应用软件和编写脚本
-9. [注意事项](./information/notes.md)：使用平台时需要注意的事项
-10. [故障排查](./information/troubleshooting.md)：用户对可能遇到的故障进行排查的流程
-11. [常见问题](./information/faq.md): 用户经常遇到的问题汇总
+3. [快速上手](usage/quick-start.md): 用户快速上手流程
+4. [开户流程](introduction/register.md): 介绍开户流程
+5. [用户登录与文件传输](usage/login.md)：如何登录集群和进行文件传输
+6. [分区（队列）管理](usage/partition.md)：分区和队列的设置和收费标准
+7. [SCOW算力平台](usage/scow.md)：SCOW平台的使用说明
+8. [Slurm作业调度系统](slurm/index.md)：详细介绍Slurm的各项功能和使用方法
+9. [应用软件及脚本](./usage/apps/index.md)：如何使用平台上的应用软件和作业脚本示例
+10. [注意事项](./information/notes.md)：使用平台时需要注意的事项
+11. [故障排查](./information/troubleshooting.md)：用户对可能遇到的故障进行排查的流程
+12. [常见问题](./information/faq.md): 用户经常遇到的问题汇总
 
 希望本目录能帮助您快速找到所需信息，提升使用体验。

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@@ -7,7 +7,7 @@
 
 嘉庚智算中心支持内部用户以课题组/项目组为单位开立“用户组”账户，一个课题组/项目组的“用户组”账户下可以开立多个“用户”账户。“用户组”账户下的“用户”账户将共享“用户组”账户内的充值金额。
 
-内部用户申请开立“用户组”账户或在“用户组”账户新增“用户”账户需将以下两项材料的扫描件通过厦门大学的邮箱发送至 [hpc@xmu.edu.cn](mailto:hpc@xmu.edu.cn)，并抄送经费负责人：
+内部用户申请开立“用户组”账户或在“用户组”账户新增“用户”账户需将以下两项材料的扫描件通过厦门大学的邮箱发送至 [ikkemhpc@xmu.edu.cn](mailto:ikkemhpc@xmu.edu.cn)，并抄送经费负责人：
 
 1. **账户申请表**: 请先填写相关信息，而后请用户在“申请人”处签名，经费负责人在“单位/项目组负责人”处签名。
 2. **用户承诺书**: 请新开立“用户”账户的用户在“承诺人”处签名。
@@ -34,7 +34,7 @@ sbatch: error: Job submit/allocate failed: Invalid account or account/partition
 
 ### 续费
 
-有续费需求的用户可发送邮箱至 [hpc@xmu.edu.cn](mailto:hpc@xmu.edu.cn) 邮箱或在微信服务群内告知，智算中心会主动联系，配合办理续费业务。
+有续费需求的用户可发送邮箱至 [ikkemhpc@xmu.edu.cn](mailto:ikkemhpc@xmu.edu.cn) 邮箱或在微信服务群内告知，智算中心会主动联系，配合办理续费业务。
 
 ## 初始密码与重置
 
@@ -47,7 +47,7 @@ sbatch: error: Job submit/allocate failed: Invalid account or account/partition
 
 ## 销户
 
-用户可用申请时的邮箱向 [hpc@xmu.edu.cn](mailto:hpc@xmu.edu.cn) 提出用户账户注销申请。注销申请发出前建议用户做好数据备份，避免因账户注销造成损失。
+用户可用申请时的邮箱向 [ikkemhpc@xmu.edu.cn](mailto:ikkemhpc@xmu.edu.cn) 提出用户账户注销申请。注销申请发出前建议用户做好数据备份，避免因账户注销造成损失。
 
 !!! warning 特别提醒
     为提高资源的利用效率，嘉庚智算中心会对一年以内未使用的账户进行销户处理。

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@@ -0,0 +1,70 @@
+# Abaqus
+
+ABAQUS是一种有限元素法软件，用于机械、土木、电子等行业的结构和场分析。
+
+!!! info
+    Abaqus 是商业授权软件，需要申请权限后使用。
+
+```bash title="/public/slurmscript_demo/abaqus.slurm"
+#!/bin/bash
+#SBATCH --nodes=2                 #节点数量
+#SBATCH --ntasks-per-node=8       #每个节点使用的核心数量
+#SBATCH --error=%j.err
+#SBATCH --output=%j.out
+#SBATCH --account=[budget]        # Account name
+#SBATCH --partition=cpu           # Partition name
+#SBATCH --qos=[qos]               # QOS name
+
+CURDIR=`pwd`
+rm -rf $CURDIR/nodelist.$SLURM_JOB_ID
+NODES=`scontrol show hostnames $SLURM_JOB_NODELIST`
+for i in $NODES
+do
+echo "$i:$SLURM_NTASKS_PER_NODE" >> $CURDIR/nodelist.$SLURM_JOB_ID
+done
+echo $SLURM_NPROCS
+
+echo "process will start at : "
+date
+echo "++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++"
+
+##setting environment for abaqus-2019
+export PATH=/public/software/abaqus/abaqus-2019/DassaultSystemes/SIMULIA/Commands/:$PATH
+
+cd $CURDIR
+rm -rf *.lck*
+rm -rf $CURDIR/nodefile
+np=$SLURM_NPROCS
+nu=$SLURM_NNODES
+cpuspernode=$SLURM_NTASKS_PER_NODE
+echo $cpuspernode
+echo $nu
+echo $np
+
+for i in $NODES
+do
+echo "$i" >> $CURDIR/nodefile
+done
+
+pie="'"
+machinelist=$(awk '{if( NR != '$nu' ) printf "['$pie'"$0"'$pie',"'$cpuspernode'"],"}     {if(NR=='$nu') printf "['$pie'"$0"'$pie',    "'$cpuspernode'"]"}' nodefile)
+echo "mp_host_list=[$machinelist]"
+echo "mp_rsh_command='ssh -n -l %U %H %C'" > abaqus_v6.env
+echo "mp_host_list=[$machinelist]" >> abaqus_v6.env
+
+export MPI_IB_STRINGS=mlx5_0:1
+export MPIRUN_OPTIONS="-prot"
+
+
+unset SLURM_GTIDS
+inputfile=abaqus_suanli.inp
+abaqus job=ABAQUS cpus=$SLURM_NPROCS input=$inputfile interactive ask_delete=off > ./log
+
+
+echo "++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++"
+echo "processs will sleep 30s"
+sleep 30
+echo "process end at : "
+date
+rm -rf $CURDIR/nodelist.$SLURM_JOB_ID
+```

docs/_images/app12.png

@@ -0,0 +1,29 @@
+# amber
+
+```bash title="/public/slurmscript_demo/amber-intel.slurm"
+#!/bin/bash -l
+#SBATCH --job-name=mpi_job_test         # Job name
+#SBATCH --output=testSlurmJob.%j.out    # Stdout (%j expands to jobId)
+#SBATCH --error=testSlurmJob.%j.err     # Stderr (%j expands to jobId)
+#SBATCH -N 2                            # Maximum number of  node
+#SBATCH --ntasks-per-node=16            # Maximum number CPUs  of  each node
+#SBATCH --account=[budget]              # Account name
+#SBATCH --partition=cpu                 # Partition name
+#SBATCH --qos=[qos]                     # QOS name
+
+module  load intel/oneapi2021.1
+module load amber/20
+
+srun hostname >./hostfile
+echo $SLURM_NTASKS
+echo "Date              = $(date)"
+echo "Hostname          = $(hostname -s)"
+echo "Working Directory = $(pwd)"
+echo ""
+echo "Number of Nodes Allocated      = $SLURM_JOB_NUM_NODES"
+echo "Number of Tasks Allocated      = $SLURM_NTASKS"
+echo "Number of Cores/Task Allocated = $SLURM_CPUS_PER_TASK"
+echo $SLURM_NPROCS
+
+mpirun -machinefile hostfile -np $SLURM_NTASKS   pmemd.MPI -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd
+```

docs/_images/app13.png

@@ -0,0 +1,33 @@
+# COMSOL
+
+!!! info
+    COMSOL 是商业授权软件，需要申请权限后使用。
+
+```bash title="/public/slurmscript_demo/comsol.slurm"
+#!/bin/bash
+#SBATCH --job-name="COMSOL"
+#SBATCH --output=testSlurmJob.%j.out    # Stdout (%j expands to jobId)
+#SBATCH --error=testSlurmJob.%j.err     # Stderr (%j expands to jobId)
+#SBATCH -N 2                            # Maximum number of  node
+#SBATCH --ntasks-per-node=1             # Maximum number CPUs  of  each node
+#SBATCH --account=[budget]              # Account name
+#SBATCH --partition=cpu                 # Partition name
+#SBATCH --qos=[qos]                     # QOS name
+
+# Set Comsol ENV
+module load comsol/5.6
+module load intel/2020.2
+
+srun hostname >./hostfile
+echo $SLURM_NTASKS
+echo "Date              = $(date)"
+echo "Hostname          = $(hostname -s)"
+echo "Working Directory = $(pwd)"
+echo ""
+echo "Number of Nodes Allocated      = $SLURM_JOB_NUM_NODES"
+echo "Number of Tasks Allocated      = $SLURM_NTASKS"
+echo "Number of Cores/Task Allocated = $SLURM_CPUS_PER_TASK"
+echo $SLURM_NPROCS
+
+comsol batch  -nnhost 1 -np $SLURM_NTASKS -inputfile test.mph -outputfile outtest.mph -batchlog in.log
+```

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@@ -0,0 +1,34 @@
+# CP2K
+
+CP2K 是可用于DFT计算和分子动力学模拟的强大软件包。它支持多种计算方法，包括密度泛函理论（DFT）、半经验方法和经典力场。CP2K 以其高效的并行计算能力和灵活的输入文件格式而闻名，适用于从小分子到大规模材料系统的模拟。用户可以利用 CP2K 进行能量计算、几何优化、分子动力学模拟等多种任务。
+
+## 嘉庚智算上的CP2K
+
+!!! failure
+    目前由于升级后 OpenMPI 的已知问题，目前集群上的 CP2K 仅 `cp2k/2024.3` 和 `cp2k/2024.3-generic` 版本可用。
+    前者由于 Core Dump 等原因未能通过 Regtest（但无数值issue），后者由于17个测试任务的数值不匹配亦未能通过。
+
+    因此请各位用户在使用时注意自己的结果，我们正在积极解决升级后的集群与 CP2K 的兼容性问题。
+    如对可靠性有较高要求，推荐使用 [CP2K 官方 Singularity 容器镜像](https://github.com/cp2k/cp2k-containers#apptainer-singularity)。
+
+```bash title="/public/slurmscript_demo/cp2k-2024.3.slurm"
+#!/bin/bash
+#SBATCH --nodes=1                   # 节点数量
+#SBATCH --ntasks-per-node=64        # 每个节点核心数量
+#SBATCH --job-name=hello            # 作业名称
+#SBATCH --output=%j.out             # 正常日志输出 (%j 参数值为 jobId)
+#SBATCH --error=%j.err              # 错误日志输出 (%j 参数值为 jobId)
+#SBATCH --account=[budget]          # Account name
+#SBATCH --partition=cpu             # Partition name
+#SBATCH --qos=[qos]                 # QOS name
+#SBATCH --mem=251G                  # use full memory of node to avoid OOM
+
+##############################################
+#          Software Envrironment             #
+##############################################
+module load cp2k/2024.3
+##############################################
+#               Run job                      #
+##############################################
+mpirun cp2k.psmp cp2k.inp  >> output
+```