- algorithme de Needleman-Wunsch : alignement global
- algorithme de Smith-Waterman : alignement local
- distance de Levenshtein : nombre d'opérations (ajout, suppression, modification) minimal pour passer d'une séquence à une autre
blast.py : heuristique pour trouver des alignements locaux dans de très longues chaînes
main.py : exemples d'usages des algorithmes présentés
recuperation_donnees.py : récupérations de mots grâce à nltk
- On installe nltk avec # apt-get install nltk
- On télécharge le corpus Swadesh avec
>>> import nltk
>>> nltk.download()utils.py : quelques fonctions bien utiles mais inclassables