From a75c3242c7fcb3e663eb33db9387f52e9f281539 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: DomInvivo Date: Fri, 19 Jan 2024 15:54:14 +0000 Subject: [PATCH] Deployed 7771164e to stable with MkDocs 1.5.3 and mike 2.0.0 --- stable/404.html | 27 +- stable/api/graphium.config.html | 122 +- stable/api/graphium.data.html | 306 ++- stable/api/graphium.features.html | 213 +-- stable/api/graphium.finetuning.html | 139 +- stable/api/graphium.ipu.html | 336 ++-- stable/api/graphium.nn/architectures.html | 284 ++- stable/api/graphium.nn/encoders.html | 194 +- stable/api/graphium.nn/graphium.nn.html | 342 ++-- stable/api/graphium.nn/pyg_layers.html | 335 ++-- stable/api/graphium.trainer.html | 279 ++- stable/api/graphium.utils.html | 341 ++-- stable/api/graphium.visualization.html | 1633 ----------------- stable/assets/_mkdocstrings.css | 91 +- ...d7c377c4.min.js => bundle.7389ff0e.min.js} | 4 +- ....min.js.map => bundle.7389ff0e.min.js.map} | 6 +- ...f886a092.min.js => search.c011b7c0.min.js} | 2 +- ....min.js.map => search.c011b7c0.min.js.map} | 2 +- stable/baseline.html | 27 +- stable/cli/graphium-train.html | 41 +- stable/cli/graphium.html | 27 +- stable/cli/reference.html | 27 +- stable/contribute.html | 27 +- stable/datasets.html | 27 +- stable/design.html | 28 +- stable/images/banner-tight.svg | 359 +++- stable/images/banner.svg | 359 +++- stable/images/logo-large-green.svg | 89 +- stable/images/logo-mini-dark.svg | 16 +- stable/images/logo-mini-green.svg | 21 +- stable/images/logo-mini-white.svg | 17 +- stable/images/logo-wide-dark.png | Bin 0 -> 51202 bytes stable/images/logo-wide-dark.svg | 54 + stable/images/logo-wide-green.png | Bin 0 -> 79541 bytes stable/images/logo-wide-green.svg | 70 + stable/index.html | 27 +- stable/license.html | 42 +- stable/objects.inv | Bin 6361 -> 6342 bytes stable/pretrained_models.html | 27 +- stable/search/search_index.json | 2 +- stable/sitemap.xml | 65 +- stable/sitemap.xml.gz | Bin 535 -> 527 bytes .../add_new_positional_encoding.html | 30 +- .../choosing_parallelization.html | 30 +- .../feature_processing/csv_to_parquet.html | 30 +- .../feature_processing/timing_parallel.html | 30 +- stable/tutorials/gnn/add_new_gnn_layers.html | 30 +- stable/tutorials/gnn/making_gnn_networks.html | 30 +- stable/tutorials/gnn/using_gnn_layers.html | 30 +- .../model_training/running-multitask-ipu.html | 30 +- .../simple-molecular-model.html | 30 +- 51 files changed, 2457 insertions(+), 3821 deletions(-) delete mode 100644 stable/api/graphium.visualization.html rename stable/assets/javascripts/{bundle.d7c377c4.min.js => bundle.7389ff0e.min.js} (77%) rename stable/assets/javascripts/{bundle.d7c377c4.min.js.map => bundle.7389ff0e.min.js.map} (82%) rename stable/assets/javascripts/workers/{search.f886a092.min.js => search.c011b7c0.min.js} (99%) rename stable/assets/javascripts/workers/{search.f886a092.min.js.map => search.c011b7c0.min.js.map} (99%) create mode 100644 stable/images/logo-wide-dark.png create mode 100644 stable/images/logo-wide-dark.svg create mode 100644 stable/images/logo-wide-green.png create mode 100644 stable/images/logo-wide-green.svg diff --git a/stable/404.html b/stable/404.html index 89f236337..35fc548d6 100644 --- a/stable/404.html +++ b/stable/404.html @@ -14,7 +14,7 @@ - + @@ -754,27 +754,6 @@ -
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    404 - Not found

    - + - + diff --git a/stable/api/graphium.config.html b/stable/api/graphium.config.html index c90190e07..a13de0e96 100644 --- a/stable/api/graphium.config.html +++ b/stable/api/graphium.config.html @@ -20,7 +20,7 @@ - + @@ -786,7 +786,7 @@
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  • - - - - - graphium.visualization - - - - -
    • - - - - - - - - - -
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    graphium.config graphium.config._loader @@ -1853,6 +1831,15 @@

    + +
    +

    Copyright (c) 2023 Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited.

    +

    Use of this software is subject to the terms and conditions outlined in the LICENSE file. +Unauthorized modification, distribution, or use is prohibited. Provided 'as is' without +warranties of any kind.

    +

    Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited are not liable for any damages arising from its use. +Refer to the LICENSE file for the full terms and conditions.

    +
    @@ -1871,7 +1858,6 @@

    -

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    -

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    -

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    -

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    -

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    -

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    -

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    -

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    -

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    -

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    -

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    -

    graphium.config.config_convert @@ -2366,6 +2341,15 @@

    + +
    +

    Copyright (c) 2023 Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited.

    +

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    +

    Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited are not liable for any damages arising from its use. +Refer to the LICENSE file for the full terms and conditions.

    +
    @@ -2384,7 +2368,6 @@

    -

    recursive_config_reformating(configs) @@ -2413,7 +2396,6 @@

    graphium.config._load @@ -2421,6 +2403,15 @@

    + +
    +

    Copyright (c) 2023 Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals. +Use of this software is subject to the terms and conditions outlined in the LICENSE file. +Unauthorized modification, distribution, or use is prohibited. Provided 'as is' without +warranties of any kind.

    +

    Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals are not liable for any damages arising from its use. +Refer to the LICENSE file for the full terms and conditions.

    +
    @@ -2439,7 +2430,6 @@

    -

    load_config(name) @@ -2541,10 +2531,10 @@

    - + - + diff --git a/stable/api/graphium.data.html b/stable/api/graphium.data.html index dda7f80d7..fa0e57f20 100644 --- a/stable/api/graphium.data.html +++ b/stable/api/graphium.data.html @@ -20,7 +20,7 @@ - + @@ -791,7 +791,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -800,7 +800,7 @@
  • - get_dataloader() + get_dataloader @@ -809,7 +809,7 @@
  • - get_dataloader_kwargs() + get_dataloader_kwargs @@ -818,7 +818,7 @@
  • - get_max_num_edges_datamodule() + get_max_num_edges_datamodule @@ -827,7 +827,7 @@
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  • - __init__() + __init__ @@ -911,7 +911,7 @@
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  • - - - - - graphium.visualization - - - - -
    • - - - - - - - - - -
  • @@ -2203,7 +2182,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -2212,7 +2191,7 @@
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  • - get_max_num_edges_datamodule() + get_max_num_edges_datamodule @@ -2239,7 +2218,7 @@
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  • - get_data_cache_fullname() + get_data_cache_fullname @@ -2503,7 +2482,7 @@
  • - get_data_hash() + get_data_hash @@ -2512,7 +2491,7 @@
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    Data Module graphium.data.datamodule @@ -2835,6 +2813,15 @@

    + +
    +

    Copyright (c) 2023 Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited.

    +

    Use of this software is subject to the terms and conditions outlined in the LICENSE file. +Unauthorized modification, distribution, or use is prohibited. Provided 'as is' without +warranties of any kind.

    +

    Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited are not liable for any damages arising from its use. +Refer to the LICENSE file for the full terms and conditions.

    +
    @@ -2851,7 +2838,6 @@

    -

    ADMETBenchmarkDataModule @@ -2945,13 +2931,13 @@

    -

    BaseDataModule @@ -2979,7 +2965,6 @@

    -

    get_num_workers @@ -3001,7 +2986,6 @@
    predict_ds @@ -3027,7 +3011,6 @@
    __init__(batch_size_training=16, batch_size_inference=16, batch_size_per_pack=None, num_workers=0, pin_memory=True, persistent_workers=False, multiprocessing_context=None, collate_fn=None) @@ -3161,7 +3144,6 @@
    get_dataloader(dataset, shuffle, stage) @@ -3263,7 +3245,6 @@
    get_dataloader_kwargs(stage, shuffle, **kwargs) @@ -3351,7 +3332,6 @@
    get_max_num_edges_datamodule(stages=None) @@ -3440,7 +3420,6 @@
    get_max_num_nodes_datamodule(stages=None) @@ -3529,7 +3508,6 @@
    predict_dataloader(**kwargs) @@ -3549,7 +3527,6 @@
    test_dataloader(**kwargs) @@ -3569,7 +3546,6 @@
    train_dataloader(**kwargs) @@ -3589,7 +3565,6 @@
    val_dataloader(**kwargs) @@ -3610,13 +3585,13 @@
    -

    DatasetProcessingParams @@ -3649,7 +3624,6 @@

    __init__(task_level=None, df=None, df_path=None, smiles_col=None, label_cols=None, weights_col=None, weights_type=None, idx_col=None, mol_ids_col=None, sample_size=None, split_val=0.2, split_test=0.2, seed=None, epoch_sampling_fraction=1.0, splits_path=None, split_names=['train', 'val', 'test'], label_normalization=None) @@ -3685,13 +3659,13 @@

    -

    FakeDataModule @@ -3727,7 +3701,6 @@

    -

    generate_data(label_cols, smiles_col) @@ -3748,7 +3721,6 @@
    get_fake_graph() @@ -3771,7 +3743,6 @@
    prepare_data() @@ -3807,7 +3778,6 @@
    setup(stage=None) @@ -3830,13 +3800,13 @@
    +

    • -

    GraphOGBDataModule @@ -3867,7 +3837,6 @@

    -

    __init__(task_specific_args, processed_graph_data_path=None, dataloading_from='ram', featurization=None, batch_size_training=16, batch_size_inference=16, batch_size_per_pack=None, num_workers=0, pin_memory=True, persistent_workers=False, multiprocessing_context=None, featurization_n_jobs=-1, featurization_progress=False, featurization_backend='loky', collate_fn=None, prepare_dict_or_graph='pyg:graph', **kwargs) @@ -4103,7 +4072,6 @@
    to_dict() @@ -4126,13 +4094,13 @@
    -

    IPUDataModuleModifier @@ -4161,7 +4129,6 @@

    -

    __init__(ipu_inference_opts=None, ipu_training_opts=None, ipu_dataloader_training_opts=None, ipu_dataloader_inference_opts=None, *args, **kwargs) @@ -4283,13 +4250,13 @@
    -

    MultitaskFromSmilesDataModule @@ -4317,7 +4284,6 @@

    in_dims @@ -4341,7 +4307,6 @@

    num_edge_feats @@ -4363,7 +4328,6 @@
    num_node_feats @@ -4388,7 +4352,6 @@
    __init__(task_specific_args, processed_graph_data_path=None, dataloading_from='ram', featurization=None, batch_size_training=16, batch_size_inference=16, batch_size_per_pack=None, num_workers=0, pin_memory=True, persistent_workers=False, multiprocessing_context=None, featurization_n_jobs=-1, featurization_progress=False, featurization_backend='loky', featurization_batch_size=1000, collate_fn=None, prepare_dict_or_graph='pyg:graph', **kwargs) @@ -4446,7 +4409,6 @@
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    + +
    +

    Copyright (c) 2023 Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore.

    +

    Use of this software is subject to the terms and conditions outlined in the LICENSE file. +Unauthorized modification, distribution, or use is prohibited. Provided 'as is' without +warranties of any kind.

    +

    Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore are not liable for any damages arising from its use. +Refer to the LICENSE file for the full terms and conditions.

    +
    @@ -5336,7 +5293,6 @@

    -

    collage_pyg_graph(pyg_graphs, batch_size_per_pack=None) @@ -5403,7 +5359,6 @@

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    -

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    -

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    -

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    -

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    + +
    +

    Copyright (c) 2023 Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited.

    +

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    +

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    +
    @@ -5834,7 +5792,6 @@

    -

    download_graphium_dataset(name, output_path, extract_zip=True, progress=False) @@ -5950,7 +5907,6 @@

    -

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    -

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    -

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    -

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    -

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    -

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    -

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    -

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    -

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    -

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    -

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    -

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    +

    Copyright (c) 2023 Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited.

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    Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited are not liable for any damages arising from its use. +Refer to the LICENSE file for the full terms and conditions.

    +
    @@ -5826,7 +5807,6 @@

    -

    graphium.ipu.ipu_utils @@ -5834,6 +5814,15 @@

    + +
    +

    Copyright (c) 2023 Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited.

    +

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    +

    Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited are not liable for any damages arising from its use. +Refer to the LICENSE file for the full terms and conditions.

    +
    @@ -5852,7 +5841,6 @@

    -

    import_poptorch(raise_error=True) @@ -5928,7 +5916,6 @@

    -

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    -

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    + +
    +

    Copyright (c) 2023 Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited.

    +

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    +

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    +
    @@ -6152,7 +6145,6 @@

    -

    PredictorModuleIPU @@ -6185,7 +6177,6 @@

    -

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    -

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    -

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    + +
    +

    Copyright (c) 2023 Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited.

    +

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    +

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    +
    @@ -6382,7 +6378,6 @@

    -

    to_dense_batch(x, batch=None, fill_value=0.0, max_num_nodes_per_graph=None, batch_size=None, drop_nodes_last_graph=False) @@ -6516,7 +6511,6 @@

    -

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    + +
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    Copyright (c) 2023 Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited.

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    -

    EnsembleFeedForwardNN @@ -2912,7 +2898,6 @@

    __init__(in_dim, out_dim, hidden_dims, num_ensemble, reduction, subset_in_dim=1.0, depth=None, activation='relu', last_activation='none', dropout=0.0, last_dropout=0.0, normalization='none', first_normalization='none', last_normalization='none', residual_type='none', residual_skip_steps=1, name='LNN', layer_type='ens-fc', layer_kwargs=None, last_layer_is_readout=False) @@ -3032,7 +3017,6 @@

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    -

    FeedForwardGraph @@ -3145,7 +3127,6 @@

    __init__(in_dim, out_dim, hidden_dims, layer_type, depth=None, activation='relu', last_activation='none', dropout=0.0, last_dropout=0.0, normalization='none', first_normalization='none', last_normalization='none', residual_type='none', residual_skip_steps=1, in_dim_edges=0, hidden_dims_edges=[], out_dim_edges=None, name='GNN', layer_kwargs=None, virtual_node='none', use_virtual_edges=False, last_layer_is_readout=False) @@ -3278,7 +3259,6 @@

    __repr__() @@ -3298,7 +3278,6 @@
    forward(g) @@ -3338,7 +3317,6 @@
    get_init_kwargs() @@ -3358,7 +3336,6 @@
    get_nested_key(d, target_key) @@ -3383,7 +3360,6 @@
    make_mup_base_kwargs(divide_factor=2.0, factor_in_dim=False) @@ -3435,13 +3411,13 @@
    -

    FeedForwardNN @@ -3469,7 +3445,6 @@

    cache_readouts: bool @@ -3494,7 +3469,6 @@

    __init__(in_dim, out_dim, hidden_dims, depth=None, activation='relu', last_activation='none', dropout=0.0, last_dropout=0.0, normalization='none', first_normalization='none', last_normalization='none', residual_type='none', residual_skip_steps=1, name='LNN', layer_type='fc', layer_kwargs=None, last_layer_is_readout=False) @@ -3593,7 +3567,6 @@
    __repr__() @@ -3613,7 +3586,6 @@
    add_layers(layers) @@ -3633,7 +3605,6 @@
    drop_layers(depth) @@ -3653,7 +3624,6 @@
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    get_init_kwargs() @@ -3703,7 +3672,6 @@
    make_mup_base_kwargs(divide_factor=2.0, factor_in_dim=False) @@ -3731,13 +3699,13 @@
    -

    FullGraphMultiTaskNetwork @@ -3765,7 +3733,6 @@

    in_dim: int @@ -3787,7 +3754,6 @@

    in_dim_edges: int @@ -3809,7 +3775,6 @@
    out_dim: int @@ -3831,7 +3796,6 @@
    out_dim_edges: int @@ -3857,7 +3821,6 @@
    __init__(gnn_kwargs, pre_nn_kwargs=None, pre_nn_edges_kwargs=None, pe_encoders_kwargs=None, task_heads_kwargs=None, graph_output_nn_kwargs=None, accelerator_kwargs=None, num_inference_to_average=1, last_layer_is_readout=False, name='FullGNN') @@ -3926,7 +3889,6 @@
    __repr__() @@ -3946,7 +3908,6 @@
    create_module_map(level='layers') @@ -3997,7 +3958,6 @@
    forward(g) @@ -4043,7 +4003,6 @@
    make_mup_base_kwargs(divide_factor=2.0) @@ -4093,7 +4052,6 @@
    set_max_num_nodes_edges_per_graph(max_nodes, max_edges) @@ -4160,13 +4118,13 @@
    -

    GraphOutputNN @@ -4194,7 +4152,6 @@

    concat_last_layers: Optional[Iterable[int]] @@ -4221,7 +4178,6 @@

    out_dim: int @@ -4246,7 +4202,6 @@
    __init__(in_dim, in_dim_edges, task_level, graph_output_nn_kwargs) @@ -4338,7 +4293,6 @@
    compute_nodepairs(node_feats, batch, max_num_nodes=None, fill_value=float('nan'), batch_size=None, drop_nodes_last_graph=False) @@ -4370,7 +4324,6 @@
    drop_graph_output_nn_layers(num_layers_to_drop) @@ -4392,7 +4345,6 @@
    extend_graph_output_nn_layers(layers) @@ -4414,7 +4366,6 @@
    forward(g) @@ -4465,7 +4416,6 @@
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    set_max_num_nodes_edges_per_graph(max_nodes, max_edges) @@ -4583,13 +4532,13 @@
    -

    TaskHeads @@ -4617,7 +4566,6 @@

    out_dim: Dict[str, int] @@ -4642,7 +4590,6 @@

    __init__(in_dim, in_dim_edges, task_heads_kwargs, graph_output_nn_kwargs, last_layer_is_readout=True) @@ -4676,7 +4623,6 @@
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    graphium.nn.architectures.pyg_architectures @@ -4863,6 +4806,15 @@

    + +
    +

    Copyright (c) 2023 Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited.

    +

    Use of this software is subject to the terms and conditions outlined in the LICENSE file. +Unauthorized modification, distribution, or use is prohibited. Provided 'as is' without +warranties of any kind.

    +

    Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited are not liable for any damages arising from its use. +Refer to the LICENSE file for the full terms and conditions.

    +
    @@ -4879,7 +4831,6 @@

    -

    FeedForwardPyg @@ -4911,6 +4862,7 @@

    graphium.nn.architectures.encoder_manager @@ -4936,6 +4887,15 @@

    + +
    +

    Copyright (c) 2023 Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited.

    +

    Use of this software is subject to the terms and conditions outlined in the LICENSE file. +Unauthorized modification, distribution, or use is prohibited. Provided 'as is' without +warranties of any kind.

    +

    Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited are not liable for any damages arising from its use. +Refer to the LICENSE file for the full terms and conditions.

    +
    @@ -4952,7 +4912,6 @@

    -

    EncoderManager @@ -4980,7 +4939,6 @@

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  • - parse_input_keys() + parse_input_keys @@ -708,7 +708,7 @@
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  • - __init__() + __init__ @@ -780,7 +780,7 @@
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  • - __init__() + __init__ @@ -1020,7 +1020,7 @@
  • - forward() + forward @@ -1029,7 +1029,7 @@
  • - make_mup_base_kwargs() + make_mup_base_kwargs @@ -1038,7 +1038,7 @@
  • - parse_input_keys() + parse_input_keys @@ -1047,7 +1047,7 @@
  • - parse_output_keys() + parse_output_keys @@ -1119,11 +1119,11 @@
  • - make_mup_base_kwargs() + make_mup_base_kwargs -
    • -

    MLPEncoder @@ -3990,7 +3943,6 @@

    -

    __init__(input_keys, output_keys, in_dim, hidden_dim, out_dim, num_layers, activation='relu', dropout=0.0, normalization='none', first_normalization='none', use_input_keys_prefix=True) @@ -4172,7 +4124,6 @@
    forward(batch, key_prefix=None) @@ -4197,7 +4148,6 @@
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    graphium.nn.encoders.signnet_pos_encoder @@ -4319,7 +4267,6 @@

    -

    GINDeepSigns @@ -4354,13 +4301,13 @@

    -

    MaskedGINDeepSigns @@ -4395,13 +4342,13 @@

    -

    SignNetNodeEncoder @@ -4472,7 +4419,6 @@

    make_mup_base_kwargs(divide_factor=2.0, factor_in_dim=False) @@ -4540,13 +4486,13 @@

    -

    SimpleGIN @@ -4577,7 +4523,6 @@

    __init__(in_dim, hidden_dim, out_dim, num_layers, normalization='none', dropout=0.5, activation='relu') @@ -4598,6 +4543,7 @@

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    + +
    +

    Copyright (c) 2023 Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited.

    +

    Use of this software is subject to the terms and conditions outlined in the LICENSE file. +Unauthorized modification, distribution, or use is prohibited. Provided 'as is' without +warranties of any kind.

    +

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    +
    @@ -3187,7 +3174,6 @@

    -

    BaseGraphModule @@ -3218,7 +3204,6 @@

    -

    __init__(in_dim, out_dim, activation='relu', dropout=0.0, normalization='none', layer_idx=None, layer_depth=None, droppath_rate=0.0) @@ -3272,13 +3257,13 @@
    -

    BaseGraphStructure @@ -3304,7 +3289,6 @@

    layer_inputs_edges: bool @@ -3334,7 +3318,6 @@

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    out_dim_factor: int @@ -3447,7 +3427,6 @@
    __init__(in_dim, out_dim, activation='relu', dropout=0.0, normalization='none', layer_idx=None, layer_depth=None, droppath_rate=0.0) @@ -3500,7 +3479,6 @@
    __repr__() @@ -3520,7 +3498,6 @@
    apply_norm_activation_dropout(feat, normalization=True, activation=True, dropout=True, droppath=True, batch_idx=None, batch_size=None) @@ -3563,7 +3540,6 @@
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    +
    @@ -3597,7 +3574,6 @@

    check_intpus_allow_int(obj, edge_index, size) @@ -3627,7 +3603,6 @@

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    + +
    +

    Copyright (c) 2023 Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited.

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    Use of this software is subject to the terms and conditions outlined in the LICENSE file. +Unauthorized modification, distribution, or use is prohibited. Provided 'as is' without +warranties of any kind.

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    Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited are not liable for any damages arising from its use. +Refer to the LICENSE file for the full terms and conditions.

    +
    @@ -3651,7 +3635,6 @@

    -

    DropPath @@ -3682,7 +3665,6 @@

    -

    __init__(drop_rate) @@ -3735,7 +3717,6 @@
    -
    forward(input, batch_idx, batch_size=None) @@ -3835,7 +3816,6 @@
    -
    get_stochastic_drop_rate(drop_rate, layer_idx=None, layer_depth=None) @@ -3919,13 +3899,13 @@
    -

    FCLayer @@ -3953,7 +3933,6 @@

    -

    in_channels: int @@ -3975,7 +3954,6 @@
    -
    out_channels: int @@ -4000,7 +3978,6 @@
    -
    __init__(in_dim, out_dim, activation='relu', dropout=0.0, normalization='none', bias=True, init_fn=None, is_readout_layer=False, droppath_rate=0.0) @@ -4192,7 +4169,6 @@
    -
    forward(h) @@ -4222,7 +4198,6 @@
    -
    reset_parameters(init_fn=None) @@ -4243,13 +4218,13 @@
    -

    GRU @@ -4280,7 +4255,6 @@

    -

    __init__(in_dim, hidden_dim) @@ -4344,7 +4318,6 @@
    -
    forward(x, y) @@ -4431,13 +4404,13 @@
    +
    • -

    MLP @@ -4468,7 +4441,6 @@

    -

    __init__(in_dim, hidden_dims, out_dim, depth=None, activation='relu', last_activation='none', dropout=0.0, last_dropout=0.0, normalization='none', last_normalization='none', first_normalization='none', last_layer_is_readout=False, droppath_rate=0.0, constant_droppath_rate=True, fc_layer=FCLayer, fc_layer_kwargs=None) @@ -4744,7 +4716,6 @@
    -
    __repr__() @@ -4764,7 +4735,6 @@
    -
    forward(h) @@ -4795,13 +4765,13 @@
    +
    -

    MuReadoutGraphium @@ -4840,13 +4810,13 @@

    +
    -

    MultiheadAttentionMup @@ -4883,13 +4853,13 @@

    +

    • -

    TransformerEncoderLayerMup @@ -4925,6 +4895,7 @@

    get_activation(activation) @@ -5008,7 +4978,6 @@

    -

    get_activation_str(activation) @@ -5083,7 +5052,6 @@

    -

    get_norm(normalization, dim=None) @@ -5180,7 +5148,6 @@

    -

    graphium.nn.residual_connections @@ -5189,8 +5156,14 @@

    -

    Different types of residual connections, including None, Simple (ResNet-like), -Concat and DenseNet

    +
    +

    Copyright (c) 2023 Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals. +Use of this software is subject to the terms and conditions outlined in the LICENSE file. +Unauthorized modification, distribution, or use is prohibited. Provided 'as is' without +warranties of any kind.

    +

    Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals are not liable for any damages arising from its use. +Refer to the LICENSE file for the full terms and conditions.

    +
    @@ -5207,7 +5180,6 @@

    -

    ResidualConnectionBase @@ -5238,7 +5210,6 @@

    __init__(skip_steps=1) @@ -5271,7 +5242,6 @@

    __repr__() @@ -5291,7 +5261,6 @@
    get_true_out_dims(out_dims) @@ -5315,7 +5284,6 @@
    h_dim_increase_type() @@ -5350,7 +5318,6 @@
    has_weights() @@ -5378,13 +5345,13 @@
    +
    -

    ResidualConnectionConcat @@ -5415,7 +5382,6 @@

    __init__(skip_steps=1) @@ -5443,7 +5409,6 @@

    forward(h, h_prev, step_idx) @@ -5484,7 +5449,6 @@
    h_dim_increase_type() @@ -5507,7 +5471,6 @@
    has_weights() @@ -5531,13 +5494,13 @@
    +
    -

    ResidualConnectionDenseNet @@ -5568,7 +5531,6 @@

    __init__(skip_steps=1) @@ -5596,7 +5558,6 @@

    forward(h, h_prev, step_idx) @@ -5638,7 +5599,6 @@
    h_dim_increase_type() @@ -5661,7 +5621,6 @@
    has_weights() @@ -5685,13 +5644,13 @@
    +
    -

    ResidualConnectionNone @@ -5725,7 +5684,6 @@

    __repr__() @@ -5745,7 +5703,6 @@

    forward(h, h_prev, step_idx) @@ -5772,7 +5729,6 @@
    h_dim_increase_type() @@ -5795,7 +5751,6 @@
    has_weights() @@ -5819,13 +5774,13 @@
    +
    -

    ResidualConnectionRandom @@ -5856,7 +5811,6 @@

    __init__(skip_steps=1, out_dims=None, num_layers=None) @@ -5885,7 +5839,6 @@

    forward(h, h_prev, step_idx) @@ -5921,7 +5874,6 @@
    h_dim_increase_type() @@ -5963,7 +5915,6 @@
    has_weights() @@ -6007,13 +5958,13 @@
    +
    -

    ResidualConnectionSimple @@ -6044,7 +5995,6 @@

    __init__(skip_steps=1) @@ -6072,7 +6022,6 @@

    forward(h, h_prev, step_idx) @@ -6113,7 +6062,6 @@
    h_dim_increase_type() @@ -6136,7 +6084,6 @@
    has_weights() @@ -6160,13 +6107,13 @@
    +
    -

    ResidualConnectionWeighted @@ -6197,7 +6144,6 @@

    __init__(out_dims, skip_steps=1, dropout=0.0, activation='none', normalization='none', bias=False) @@ -6249,7 +6195,6 @@

    forward(h, h_prev, step_idx) @@ -6290,7 +6235,6 @@
    h_dim_increase_type() @@ -6313,7 +6257,6 @@
    has_weights() @@ -6337,6 +6280,7 @@
    +
    @@ -6397,10 +6341,10 @@

    - + - + diff --git a/stable/api/graphium.nn/pyg_layers.html b/stable/api/graphium.nn/pyg_layers.html index 7b38277c0..1c9bd2039 100644 --- a/stable/api/graphium.nn/pyg_layers.html +++ b/stable/api/graphium.nn/pyg_layers.html @@ -20,7 +20,7 @@ - + @@ -720,7 +720,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -729,7 +729,7 @@
  • - aggregate() + aggregate @@ -738,7 +738,7 @@
  • - forward() + forward @@ -747,7 +747,7 @@
  • - layer_supports_edges() + layer_supports_edges @@ -756,7 +756,7 @@
  • - message() + message @@ -765,7 +765,7 @@
  • - update() + update @@ -846,7 +846,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -855,7 +855,7 @@
  • - forward() + forward @@ -864,7 +864,7 @@
  • - layer_supports_edges() + layer_supports_edges @@ -873,7 +873,7 @@
  • - residual_add() + residual_add @@ -882,7 +882,7 @@
  • - scale_activations() + scale_activations @@ -963,7 +963,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -972,7 +972,7 @@
  • - forward() + forward @@ -981,7 +981,7 @@
  • - layer_supports_edges() + layer_supports_edges @@ -1032,7 +1032,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -1041,7 +1041,7 @@
  • - forward() + forward @@ -1050,7 +1050,7 @@
  • - layer_supports_edges() + layer_supports_edges @@ -1131,7 +1131,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -1140,7 +1140,7 @@
  • - aggregate_features() + aggregate_features @@ -1149,7 +1149,7 @@
  • - forward() + forward @@ -1158,7 +1158,7 @@
  • - gather_features() + gather_features @@ -1167,7 +1167,7 @@
  • - layer_supports_edges() + layer_supports_edges @@ -1248,7 +1248,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -1257,7 +1257,7 @@
  • - aggregate() + aggregate @@ -1266,7 +1266,7 @@
  • - forward() + forward @@ -1275,7 +1275,7 @@
  • - layer_supports_edges() + layer_supports_edges @@ -1284,7 +1284,7 @@
  • - message() + message @@ -1338,7 +1338,7 @@
  • - forward() + forward @@ -1362,7 +1362,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -1371,7 +1371,7 @@
  • - forward() + forward @@ -1385,7 +1385,7 @@
  • - parse_pooling_layer_pyg() + parse_pooling_layer_pyg @@ -1394,7 +1394,7 @@
  • - scatter_logsum_pool() + scatter_logsum_pool @@ -1403,7 +1403,7 @@
  • - scatter_std_pool() + scatter_std_pool @@ -1452,7 +1452,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -1476,7 +1476,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -1485,7 +1485,7 @@
  • - forward() + forward @@ -1499,7 +1499,7 @@
  • - triplets() + triplets @@ -1664,27 +1664,6 @@ -
  • - - - - - graphium.visualization - - - - -
    • - - - - - - - - - -
  • @@ -2410,7 +2389,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -2419,7 +2398,7 @@
  • - aggregate() + aggregate @@ -2428,7 +2407,7 @@
  • - forward() + forward @@ -2437,7 +2416,7 @@
  • - layer_supports_edges() + layer_supports_edges @@ -2446,7 +2425,7 @@
  • - message() + message @@ -2455,7 +2434,7 @@
  • - update() + update @@ -2536,7 +2515,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -2545,7 +2524,7 @@
  • - forward() + forward @@ -2554,7 +2533,7 @@
  • - layer_supports_edges() + layer_supports_edges @@ -2563,7 +2542,7 @@
  • - residual_add() + residual_add @@ -2572,7 +2551,7 @@
  • - scale_activations() + scale_activations @@ -2653,7 +2632,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -2662,7 +2641,7 @@
  • - forward() + forward @@ -2671,7 +2650,7 @@
  • - layer_supports_edges() + layer_supports_edges @@ -2722,7 +2701,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -2731,7 +2710,7 @@
  • - forward() + forward @@ -2740,7 +2719,7 @@
  • - layer_supports_edges() + layer_supports_edges @@ -2821,7 +2800,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -2830,7 +2809,7 @@
  • - aggregate_features() + aggregate_features @@ -2839,7 +2818,7 @@
  • - forward() + forward @@ -2848,7 +2827,7 @@
  • - gather_features() + gather_features @@ -2857,7 +2836,7 @@
  • - layer_supports_edges() + layer_supports_edges @@ -2938,7 +2917,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -2947,7 +2926,7 @@
  • - aggregate() + aggregate @@ -2956,7 +2935,7 @@
  • - forward() + forward @@ -2965,7 +2944,7 @@
  • - layer_supports_edges() + layer_supports_edges @@ -2974,7 +2953,7 @@
  • - message() + message @@ -3028,7 +3007,7 @@
  • - forward() + forward @@ -3052,7 +3031,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -3061,7 +3040,7 @@
  • - forward() + forward @@ -3075,7 +3054,7 @@
  • - parse_pooling_layer_pyg() + parse_pooling_layer_pyg @@ -3084,7 +3063,7 @@
  • - scatter_logsum_pool() + scatter_logsum_pool @@ -3093,7 +3072,7 @@
  • - scatter_std_pool() + scatter_std_pool @@ -3142,7 +3121,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -3166,7 +3145,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -3175,7 +3154,7 @@
  • - forward() + forward @@ -3189,7 +3168,7 @@
  • - triplets() + triplets @@ -3244,7 +3223,6 @@

    Gated GCN Layer graphium.nn.pyg_layers.gated_gcn_pyg @@ -3253,9 +3231,14 @@

    -

    Unit tests for the different layers of graphium/nn/pyg_layers/...

    -

    The layers are not thoroughly tested due to the difficulty of testing them

    -

    adapated from https://github.com/rampasek/GraphGPS/blob/main/graphgps/layer/gps_layer.py

    +
    +

    Copyright (c) 2023 Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals. +Use of this software is subject to the terms and conditions outlined in the LICENSE file. +Unauthorized modification, distribution, or use is prohibited. Provided 'as is' without +warranties of any kind.

    +

    Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals are not liable for any damages arising from its use. +Refer to the LICENSE file for the full terms and conditions.

    +
    @@ -3272,7 +3255,6 @@

    -

    GatedGCNPyg @@ -3300,7 +3282,6 @@

    layer_inputs_edges: bool @@ -3349,7 +3330,6 @@

    layer_outputs_edges: bool @@ -3398,7 +3378,6 @@
    out_dim_factor: int @@ -3433,7 +3412,6 @@
    __init__(in_dim, out_dim, in_dim_edges, out_dim_edges=None, activation='relu', dropout=0.0, normalization='none', eps=1e-05, **kwargs) @@ -3483,7 +3461,6 @@
    aggregate(sigma_ij, index, Bx_j, Bx) @@ -3510,7 +3487,6 @@
    forward(batch) @@ -3566,7 +3542,6 @@
    layer_supports_edges() @@ -3610,7 +3585,6 @@
    message(Dx_i, Ex_j, Ce) @@ -3636,7 +3610,6 @@
    update(aggr_out, Ax) @@ -3663,6 +3636,7 @@
    graphium.nn.pyg_layers.gps_pyg @@ -3688,6 +3661,15 @@

    + +
    +

    Copyright (c) 2023 Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited.

    +

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    +

    Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited are not liable for any damages arising from its use. +Refer to the LICENSE file for the full terms and conditions.

    +
    @@ -3704,7 +3686,6 @@

    -

    GPSLayerPyg @@ -3732,7 +3713,6 @@

    -

    layer_inputs_edges: bool @@ -3761,7 +3741,6 @@
    layer_outputs_edges: bool @@ -3790,7 +3769,6 @@
    out_dim_factor: int @@ -3825,9 +3803,8 @@
    - __init__(in_dim, out_dim, in_dim_edges=None, out_dim_edges=None, activation='relu', dropout=0.0, node_residual=True, normalization='none', mpnn_type='pyg:gine', mpnn_kwargs=None, attn_type='full-attention', precision='32', biased_attention_key=None, attn_kwargs=None, droppath_rate_attn=0.0, droppath_rate_ffn=0.0, hidden_dim_scaling=4.0, output_scale=1.0, **kwargs) + __init__(in_dim, out_dim, in_dim_edges=None, out_dim_edges=None, activation='relu', dropout=0.0, node_residual=True, normalization='none', mpnn_type='pyg:gine', mpnn_kwargs=None, attn_type='full-attention', precision='32', biased_attention_key=None, attn_kwargs=None, force_consistent_in_dim=True, droppath_rate_attn=0.0, droppath_rate_ffn=0.0, hidden_dim_scaling=4.0, output_scale=1.0, **kwargs)
    @@ -3849,12 +3826,6 @@
    forward(batch) @@ -3951,7 +3926,6 @@
    layer_supports_edges() @@ -3975,7 +3949,6 @@
    residual_add(feature, input_feature) @@ -4001,7 +3974,6 @@
    scale_activations(feature, scale_factor) @@ -4091,6 +4063,7 @@
    graphium.nn.pyg_layers.gin_pyg @@ -4116,6 +4088,15 @@

    + +
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    +
    @@ -4132,7 +4113,6 @@

    -

    GINConvPyg @@ -4160,7 +4140,6 @@

    -

    layer_inputs_edges: bool @@ -4189,7 +4168,6 @@
    layer_outputs_edges: bool @@ -4218,7 +4196,6 @@
    out_dim_factor: int @@ -4253,7 +4230,6 @@
    __init__(in_dim, out_dim, activation='relu', dropout=0.0, normalization='none', **kwargs) @@ -4303,7 +4279,6 @@
    forward(batch) @@ -4327,7 +4302,6 @@
    layer_supports_edges() @@ -4352,13 +4326,13 @@
    -

    GINEConvPyg @@ -4386,7 +4360,6 @@

    -

    layer_inputs_edges: bool @@ -4415,7 +4388,6 @@
    layer_outputs_edges: bool @@ -4444,7 +4416,6 @@
    out_dim_factor: int @@ -4479,7 +4450,6 @@
    __init__(in_dim, out_dim, in_dim_edges=None, activation='relu', dropout=0.0, normalization='none', **kwargs) @@ -4530,7 +4500,6 @@
    forward(batch) @@ -4554,7 +4523,6 @@
    layer_supports_edges() @@ -4579,6 +4547,7 @@
    graphium.nn.pyg_layers.mpnn_pyg @@ -4604,6 +4572,15 @@

    + +
    +

    Copyright (c) 2023 Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited.

    +

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    +

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    +
    @@ -4620,7 +4597,6 @@

    -

    MPNNPlusPyg @@ -4648,7 +4624,6 @@

    -

    layer_inputs_edges: bool @@ -4677,7 +4652,6 @@
    layer_outputs_edges: bool @@ -4706,7 +4680,6 @@
    out_dim_factor: int @@ -4741,7 +4714,6 @@
    __init__(in_dim=64, out_dim=64, activation='gelu', dropout=0.3, normalization='layer_norm', gather_from='both', scatter_to='both', node_combine_method='concat', num_node_mlp=2, mlp_expansion_ratio=4, use_edges=True, in_dim_edges=32, out_dim_edges=32, aggregation_method=['sum'], num_edge_mlp=2, use_globals=True, edge_dropout_rate=0.0035, **kwargs) @@ -4835,7 +4807,6 @@
    aggregate_features(input_features, senders, receivers, sender_features, receiver_features, size) @@ -4898,7 +4869,6 @@
    forward(batch) @@ -4924,7 +4894,6 @@
    gather_features(input_features, senders, receivers) @@ -4960,7 +4929,6 @@
    layer_supports_edges() @@ -4985,6 +4953,7 @@
    +
    @@ -5002,7 +4971,6 @@
    graphium.nn.pyg_layers.pna_pyg @@ -5010,6 +4978,15 @@

    + +
    +

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    +

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    +
    @@ -5026,7 +5003,6 @@

    -

    PNAMessagePassingPyg @@ -5054,7 +5030,6 @@

    layer_inputs_edges: bool @@ -5083,7 +5058,6 @@

    layer_outputs_edges: bool @@ -5112,7 +5086,6 @@
    out_dim_factor: int @@ -5147,7 +5120,6 @@
    __init__(in_dim, out_dim, aggregators, scalers, activation='relu', dropout=0.0, normalization='none', avg_d={'log': 1.0, 'lin': 1.0}, last_activation='none', posttrans_layers=1, pretrans_layers=1, in_dim_edges=0, **kwargs) @@ -5225,7 +5197,6 @@
    aggregate(inputs, index, edge_index, dim_size=None) @@ -5319,7 +5290,6 @@
    forward(batch) @@ -5343,7 +5313,6 @@
    layer_supports_edges() @@ -5367,7 +5336,6 @@
    message(x_i, x_j, edge_feat) @@ -5448,6 +5416,7 @@
    graphium.nn.pyg_layers.pooling_pyg @@ -5473,6 +5441,15 @@

    + +
    +

    Copyright (c) 2023 Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited.

    +

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    +

    Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited are not liable for any damages arising from its use. +Refer to the LICENSE file for the full terms and conditions.

    +
    @@ -5489,7 +5466,6 @@

    -

    PoolingWrapperPyg @@ -5520,7 +5496,6 @@

    forward(g, feature, *args, **kwargs) @@ -5546,13 +5521,13 @@

    -

    VirtualNodePyg @@ -5583,7 +5558,6 @@

    __init__(in_dim, out_dim, in_dim_edges, out_dim_edges, vn_type='sum', activation='relu', dropout=0.0, normalization='none', bias=True, residual=True, use_edges=False, **kwargs) @@ -5654,7 +5628,6 @@

    forward(g, feat, vn_feat, edge_feat) @@ -5705,6 +5678,7 @@
    parse_pooling_layer_pyg(in_dim, pooling, feat_type='node', **kwargs) @@ -5749,7 +5722,6 @@

    scatter_logsum_pool(x, batch, dim=0, dim_size=None) @@ -5836,7 +5808,6 @@

    scatter_std_pool(x, batch, dim=0, dim_size=None) @@ -5953,7 +5924,6 @@

    graphium.nn.pyg_layers.utils @@ -5961,6 +5931,15 @@

    + +
    +

    Copyright (c) 2023 Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited.

    +

    Use of this software is subject to the terms and conditions outlined in the LICENSE file. +Unauthorized modification, distribution, or use is prohibited. Provided 'as is' without +warranties of any kind.

    +

    Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited are not liable for any damages arising from its use. +Refer to the LICENSE file for the full terms and conditions.

    +
    @@ -5977,7 +5956,6 @@

    -

    GaussianLayer @@ -6008,7 +5986,6 @@

    -

    __init__(num_kernels=128, in_dim=3) @@ -6033,13 +6010,13 @@
    -

    PreprocessPositions @@ -6072,7 +6049,6 @@

    __init__(num_heads, embed_dim, num_kernel, in_dim=3, num_layers=2, activation='gelu', first_normalization='none') @@ -6185,7 +6161,6 @@

    forward(batch, max_num_nodes_per_graph, on_ipu, positions_3d_key) @@ -6216,6 +6191,7 @@
    triplets(edge_index, num_nodes) @@ -6427,10 +6402,10 @@

    - + - + diff --git a/stable/api/graphium.trainer.html b/stable/api/graphium.trainer.html index 27734fb3f..4b65ba5b8 100644 --- a/stable/api/graphium.trainer.html +++ b/stable/api/graphium.trainer.html @@ -20,7 +20,7 @@ - + @@ -743,7 +743,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -752,7 +752,7 @@
  • - __repr__() + __repr__ @@ -761,7 +761,7 @@
  • - compute_loss() + compute_loss @@ -770,7 +770,7 @@
  • - flag_step() + flag_step @@ -779,7 +779,7 @@
  • - forward() + forward @@ -788,7 +788,7 @@
  • - get_num_graphs() + get_num_graphs @@ -797,7 +797,7 @@
  • - list_pretrained_models() + list_pretrained_models @@ -806,7 +806,7 @@
  • - load_pretrained_model() + load_pretrained_model @@ -860,7 +860,7 @@
  • - __call__() + __call__ @@ -869,7 +869,7 @@
  • - __getstate__() + __getstate__ @@ -878,7 +878,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -887,7 +887,7 @@
  • - __repr__() + __repr__ @@ -896,7 +896,7 @@
  • - __setstate__() + __setstate__ @@ -905,7 +905,7 @@
  • - compute() + compute @@ -929,7 +929,7 @@
  • - __getstate__() + __getstate__ @@ -938,7 +938,7 @@
  • - __repr__() + __repr__ @@ -1002,7 +1002,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -1016,7 +1016,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -1025,7 +1025,7 @@
  • - get_best_results() + get_best_results @@ -1034,7 +1034,7 @@
  • - get_dict_summary() + get_dict_summary @@ -1043,7 +1043,7 @@
  • - get_metrics_logs() + get_metrics_logs @@ -1052,7 +1052,7 @@
  • - get_results() + get_results @@ -1061,7 +1061,7 @@
  • - get_results_on_progress_bar() + get_results_on_progress_bar @@ -1070,7 +1070,7 @@
  • - is_best_epoch() + is_best_epoch @@ -1079,7 +1079,7 @@
  • - set_results() + set_results @@ -1088,7 +1088,7 @@
  • - update_predictor_state() + update_predictor_state @@ -1121,7 +1121,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -1130,7 +1130,7 @@
  • - concatenate_metrics_logs() + concatenate_metrics_logs @@ -1139,7 +1139,7 @@
  • - get_best_results() + get_best_results @@ -1148,7 +1148,7 @@
  • - get_dict_summary() + get_dict_summary @@ -1157,7 +1157,7 @@
  • - get_metrics_logs() + get_metrics_logs @@ -1166,7 +1166,7 @@
  • - get_results() + get_results @@ -1175,7 +1175,7 @@
  • - get_results_on_progress_bar() + get_results_on_progress_bar @@ -1184,7 +1184,7 @@
  • - metric_log_name() + metric_log_name @@ -1193,7 +1193,7 @@
  • - set_results() + set_results @@ -1202,7 +1202,7 @@
  • - update_predictor_state() + update_predictor_state @@ -1256,7 +1256,7 @@
  • - check_metrics_validity() + check_metrics_validity @@ -1265,7 +1265,7 @@
  • - parse_loss_fun() + parse_loss_fun @@ -1412,27 +1412,6 @@ -
  • - - - - - graphium.visualization - - - - -
    • - - - - - - - - - -
  • @@ -2131,7 +2110,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -2140,7 +2119,7 @@
  • - __repr__() + __repr__ @@ -2149,7 +2128,7 @@
  • - compute_loss() + compute_loss @@ -2158,7 +2137,7 @@
  • - flag_step() + flag_step @@ -2167,7 +2146,7 @@
  • - forward() + forward @@ -2176,7 +2155,7 @@
  • - get_num_graphs() + get_num_graphs @@ -2185,7 +2164,7 @@
  • - list_pretrained_models() + list_pretrained_models @@ -2194,7 +2173,7 @@
  • - load_pretrained_model() + load_pretrained_model @@ -2248,7 +2227,7 @@
  • - __call__() + __call__ @@ -2257,7 +2236,7 @@
  • - __getstate__() + __getstate__ @@ -2266,7 +2245,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -2275,7 +2254,7 @@
  • - __repr__() + __repr__ @@ -2284,7 +2263,7 @@
  • - __setstate__() + __setstate__ @@ -2293,7 +2272,7 @@
  • - compute() + compute @@ -2317,7 +2296,7 @@
  • - __getstate__() + __getstate__ @@ -2326,7 +2305,7 @@
  • - __repr__() + __repr__ @@ -2390,7 +2369,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -2404,7 +2383,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -2413,7 +2392,7 @@
  • - get_best_results() + get_best_results @@ -2422,7 +2401,7 @@
  • - get_dict_summary() + get_dict_summary @@ -2431,7 +2410,7 @@
  • - get_metrics_logs() + get_metrics_logs @@ -2440,7 +2419,7 @@
  • - get_results() + get_results @@ -2449,7 +2428,7 @@
  • - get_results_on_progress_bar() + get_results_on_progress_bar @@ -2458,7 +2437,7 @@
  • - is_best_epoch() + is_best_epoch @@ -2467,7 +2446,7 @@
  • - set_results() + set_results @@ -2476,7 +2455,7 @@
  • - update_predictor_state() + update_predictor_state @@ -2509,7 +2488,7 @@
  • - __init__() + __init__ @@ -2518,7 +2497,7 @@
  • - concatenate_metrics_logs() + concatenate_metrics_logs @@ -2527,7 +2506,7 @@
  • - get_best_results() + get_best_results @@ -2536,7 +2515,7 @@
  • - get_dict_summary() + get_dict_summary @@ -2545,7 +2524,7 @@
  • - get_metrics_logs() + get_metrics_logs @@ -2554,7 +2533,7 @@
  • - get_results() + get_results @@ -2563,7 +2542,7 @@
  • - get_results_on_progress_bar() + get_results_on_progress_bar @@ -2572,7 +2551,7 @@
  • - metric_log_name() + metric_log_name @@ -2581,7 +2560,7 @@
  • - set_results() + set_results @@ -2590,7 +2569,7 @@
  • - update_predictor_state() + update_predictor_state @@ -2644,7 +2623,7 @@
  • - check_metrics_validity() + check_metrics_validity @@ -2653,7 +2632,7 @@
  • - parse_loss_fun() + parse_loss_fun @@ -2738,7 +2717,6 @@

    Predictor graphium.trainer.predictor @@ -2746,6 +2724,15 @@

    + +
    +

    Copyright (c) 2023 Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited.

    +

    Use of this software is subject to the terms and conditions outlined in the LICENSE file. +Unauthorized modification, distribution, or use is prohibited. Provided 'as is' without +warranties of any kind.

    +

    Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited are not liable for any damages arising from its use. +Refer to the LICENSE file for the full terms and conditions.

    +
    @@ -2762,7 +2749,6 @@

    -

    PredictorModule @@ -2793,7 +2779,6 @@

    -

    __init__(model_class, model_kwargs, loss_fun, task_levels, random_seed=42, featurization=None, optim_kwargs=None, torch_scheduler_kwargs=None, scheduler_kwargs=None, target_nan_mask=None, multitask_handling=None, metrics=None, metrics_on_progress_bar=[], metrics_on_training_set=None, flag_kwargs=None, task_norms=None, metrics_every_n_train_steps=None, replicas=1, gradient_acc=1, global_bs=1) @@ -3027,7 +3012,6 @@
    __repr__() @@ -3047,7 +3031,6 @@
    compute_loss(preds, targets, weights, loss_fun, target_nan_mask=None, multitask_handling=None) @@ -3223,7 +3206,6 @@
    flag_step(batch, step_name, to_cpu) @@ -3245,7 +3227,6 @@
    forward(inputs) @@ -3292,7 +3273,6 @@
    get_num_graphs(data) @@ -3313,7 +3293,6 @@
    list_pretrained_models() @@ -3337,7 +3316,6 @@
    load_pretrained_model(name_or_path, device=None) @@ -3392,6 +3370,7 @@
    +
    @@ -3409,7 +3388,6 @@

    graphium.trainer.metrics @@ -3417,6 +3395,15 @@

    + +
    +

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    +

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    +

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    +
    @@ -3433,7 +3420,6 @@

    -

    MetricWrapper @@ -3465,7 +3451,6 @@

    -

    __call__(preds, target) @@ -3485,7 +3470,6 @@
    __getstate__() @@ -3505,7 +3489,6 @@
    __init__(metric, threshold_kwargs=None, target_nan_mask=None, multitask_handling=None, squeeze_targets=False, target_to_int=False, **kwargs) @@ -3563,7 +3546,6 @@
    __repr__() @@ -3583,7 +3565,6 @@
    __setstate__(state) @@ -3603,7 +3584,6 @@
    compute(preds, target) @@ -3624,13 +3604,13 @@
    +
    • -

    Thresholder @@ -3659,7 +3639,6 @@

    -

    __getstate__() @@ -3679,7 +3658,6 @@
    __repr__() @@ -3700,6 +3678,7 @@
    +
    @@ -3717,7 +3696,6 @@
    -

    graphium.trainer.predictor_summaries @@ -3726,7 +3704,14 @@

    -

    Classes to store information about resulting evaluation metrics when using a Predictor Module.

    +
    +

    Copyright (c) 2023 Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited.

    +

    Use of this software is subject to the terms and conditions outlined in the LICENSE file. +Unauthorized modification, distribution, or use is prohibited. Provided 'as is' without +warranties of any kind.

    +

    Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited are not liable for any damages arising from its use. +Refer to the LICENSE file for the full terms and conditions.

    +
    @@ -3743,7 +3728,6 @@

    -

    Summary @@ -3772,7 +3756,6 @@

    -

    Results @@ -3801,7 +3784,6 @@
    __init__(targets=None, preds=None, loss=None, metrics=None, monitored_metric=None, n_epochs=None) @@ -3829,6 +3811,7 @@
    __init__(loss_fun, metrics, metrics_on_training_set=[], metrics_on_progress_bar=[], monitor='loss', mode='min', task_name=None) @@ -3879,7 +3861,6 @@
    get_best_results(step_name) @@ -3903,7 +3884,6 @@
    get_dict_summary() @@ -3925,7 +3905,6 @@
    get_metrics_logs() @@ -3948,7 +3927,6 @@
    get_results(step_name) @@ -3972,7 +3950,6 @@
    get_results_on_progress_bar(step_name) @@ -3996,7 +3973,6 @@
    is_best_epoch(step_name, loss, metrics) @@ -4020,7 +3996,6 @@
    set_results(metrics) @@ -4043,7 +4018,6 @@
    update_predictor_state(step_name, targets, preds, loss, n_epochs) @@ -4070,13 +4044,13 @@
    +
    -

    SummaryInterface @@ -4110,13 +4084,13 @@

    -

    TaskSummaries @@ -4147,7 +4121,6 @@

    __init__(task_loss_fun, task_metrics, task_metrics_on_training_set, task_metrics_on_progress_bar, monitor='loss', mode='min') @@ -4174,7 +4147,6 @@

    concatenate_metrics_logs(metrics_logs) @@ -4198,7 +4170,6 @@
    get_best_results(step_name) @@ -4222,7 +4193,6 @@
    get_dict_summary() @@ -4244,7 +4214,6 @@
    get_metrics_logs() @@ -4266,7 +4235,6 @@
    get_results(step_name) @@ -4290,7 +4258,6 @@
    get_results_on_progress_bar(step_name) @@ -4315,7 +4282,6 @@
    metric_log_name(task_name, metric_name, step_name) @@ -4337,7 +4303,6 @@
    set_results(task_metrics) @@ -4359,7 +4324,6 @@
    update_predictor_state(step_name, targets, preds, loss, task_losses, n_epochs) @@ -4387,6 +4351,7 @@
    graphium.trainer.predictor_options @@ -4413,7 +4377,14 @@

    -

    Data classes to group together related arguments for the creation of a Predictor Module.

    +
    +

    Copyright (c) 2023 Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited.

    +

    Use of this software is subject to the terms and conditions outlined in the LICENSE file. +Unauthorized modification, distribution, or use is prohibited. Provided 'as is' without +warranties of any kind.

    +

    Valence Labs, Recursion Pharmaceuticals and Graphcore Limited are not liable for any damages arising from its use. +Refer to the LICENSE file for the full terms and conditions.

    +
    @@ -4430,7 +4401,6 @@

    -

    EvalOptions @@ -4544,7 +4514,6 @@

    -

    check_metrics_validity() @@ -4564,7 +4533,6 @@
    parse_loss_fun(loss_fun) @@ -4646,13 +4614,13 @@
    -

    FlagOptions @@ -4729,13 +4697,13 @@

    +

    -

    ModelOptions @@ -4815,13 +4783,13 @@

    +

    -

    OptimOptions @@ -4946,6 +4914,7 @@

    +

    @@ -5006,10 +4975,10 @@

    - + - + diff --git a/stable/api/graphium.utils.html b/stable/api/graphium.utils.html index 50db349c4..efc7c84eb 100644 --- a/stable/api/graphium.utils.html +++ b/stable/api/graphium.utils.html @@ -20,7 +20,7 @@ - + @@ -775,7 +775,7 @@
  • - check_arg_iterator() + check_arg_iterator @@ -784,7 +784,7 @@
  • - check_columns_choice() + check_columns_choice @@ -793,7 +793,7 @@
  • - check_list1_in_list2() + check_list1_in_list2 @@ -871,7 +871,7 @@
  • - copy() + copy @@ -880,7 +880,7 @@
  • - exists() + exists @@ -889,7 +889,7 @@
  • - exists_and_not_empty() + exists_and_not_empty @@ -898,7 +898,7 @@
  • - get_basename() + get_basename @@ -907,7 +907,7 @@
  • - get_cache_dir() + get_cache_dir @@ -916,7 +916,7 @@
  • - get_extension() + get_extension @@ -925,7 +925,7 @@
  • - get_mapper() + get_mapper @@ -934,7 +934,7 @@
  • - get_size() + get_size @@ -943,7 +943,7 @@
  • - join() + join @@ -952,7 +952,7 @@
  • - mkdir() + mkdir @@ -961,7 +961,7 @@
  • - rm() + rm @@ -1000,7 +1000,7 @@
  • - get_md5_hash() + get_md5_hash @@ -1063,7 +1063,7 @@
  • - apply_infshapes() + apply_infshapes @@ -1072,7 +1072,7 @@
  • - set_base_shapes() + set_base_shapes @@ -1111,7 +1111,7 @@
  • - file_opener() + file_opener @@ -1120,11 +1120,11 @@
  • - parse_sdf_to_dataframe() + parse_sdf_to_dataframe -