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# -*- coding: utf-8 -*-
from mpi4py import MPI
from scipy.integrate import odeint
from numpy.linalg import inv
import numpy as np
from netCDF4 import Dataset
from numba import autojit
import argparse
tmax = 500
@autojit
def Pib(t):
if t==0:
return 0
else:
if t<=500:
return Pi0*np.exp(-(tau/t)**2)
else:
return Pi0*(1-np.exp(-(tau/(t-tmax))**2))
@autojit
def dPib(t):
if t==0:
return 0
else:
if t<=500:
return 2*Pi0*np.exp(-(tau/t)**2)*tau**2/t**3
else:
return -2*Pi0*np.exp(-(tau/(t-tmax))**2)*tau**2/(t-tmax)**3
@autojit
def ddPib(t):
if t==0:
return 0
else:
if t<=500:
return 2*Pi0*tau**2*(2*tau**2-3*t**2)*np.exp(-(tau/t)**2)/t**6
else:
return -2*Pi0*tau**2*(2*tau**2-3*(t-tmax)**2)*np.exp(-(tau/(t-tmax))**2)/(t-tmax)**6
def crea_evolucion(fout, x):
destino = Dataset(filename=fout, mode='w', clobber=True, format='NETCDF3_CLASSIC')
destino.createDimension('time', None)
destino.createDimension('x', Nx-ghost+1)
variable = destino.createVariable('x','f4',('x',))
variable[:] = x[ghost:Nx+1]
variable.standard_name = "x"
variable.long_name = "Coordenada holografica"
variable = destino.createVariable('time','f4',('time',))
variable.standard_name = "time"
variable.long_name = "time"
variables = ['A', 'delta', 'Pi', 'Phi', 'MomentumConstraint']
for nombre in variables:
variable = destino.createVariable(nombre,'f4',('time','x'))
destino.close()
def buffer_out(fout, t, Phi, Pi, A, delta, constraint, **kwargs):
variables = {'A' : A, 'delta' : delta, 'Pi' : Pi, 'Phi' : Phi, 'MomentumConstraint' : constraint}
destino = Dataset(filename=fout, mode='a')
Nt = len(destino.dimensions['time'])
destino.variables['time'][Nt] = t
for n, v in variables.iteritems():
variable = destino.variables[n]
variable[Nt,:] = v[ghost:Nx+1]
# Atribulos del run:
if kwargs:
destino.setncatts(kwargs)
destino.close()
return
def crea_series(fout):
destino = Dataset(filename=fout, mode='w', clobber=True, format='NETCDF3_CLASSIC')
destino.createDimension('time', None)
variable = destino.createVariable('time','f4',('time',))
variable.standard_name = "time"
variable.long_name = "time"
variables = ['Amin', 'Masa', 'Pi0', 'VeV']
for nombre in variables:
variable = destino.createVariable(nombre,'f4',('time'))
variable.units = ''
destino.close()
def escribe_series(fout, buffer_series):
destino = Dataset(filename=fout, mode='a')
Nt = len(destino.dimensions['time'])
destino.variables['time'][Nt:] = np.array(buffer_series['time'])[:]
for n,v in buffer_series.items():
destino.variables[n][Nt:] = np.array(v)[:]
destino.close()
@autojit
def BC(Phi, Pi, t):
''' Von Neumann boundary conditions. '''
if rank==0:
Phi[ghost] = 0.
X = dx*np.arange(-ghost,0)
A0 = np.matrix([[1,0,0],
[1, dx, dx**2],
[1, 2*dx, 4*dx**2]])
for f in [Phi, Pi]:
# Cálculo de los coeficiente:
res = np.dot(inv(A0),f[ghost:ghost+3])
[[a0,b0,c0]] = np.matrix.tolist(res)
# Extrapolación:
f[0:ghost] = a0 + b0*X + c0*X**2
if rank==size-1:
Phi[Nx] = 0.
#Pi[Nx] = Pib(t)
X = dx*np.arange(1,ghost+1)
Ab = np.matrix([[1,-2*dx, 4*dx**2],
[1,-dx, dx**2],
[1,0,0]])
for f in [Phi, Pi]:
# Cálculo de los coeficiente:
res = np.dot(inv(Ab),f[Nx-2:Nx+1])
[[ab,bb,cb]] = np.matrix.tolist(res)
# Extrapolación:
f[Nx+1:Nx+ghost+1] = ab + bb*X + cb*X**2
return
############################################################
# Funciones necesarias para el cálculo de los initial data #
############################################################
def eqs(y, r, params):
# Parámetros:
alpha, = params
# Punto en el que se encuentra la integración:
A, delta = y
# Ahora las derivadas:
f1 = -alpha**2*np.exp(2*delta)*np.sin(r)*np.cos(r)/A + (-A + 1)*(2*np.sin(r)**2 + 1)/(np.sin(r)*np.cos(r))
f2 = -alpha**2*np.exp(2*delta)*np.sin(r)*np.cos(r)/A**2
return [f1, f2]
def InitialPi_new(alpha, points):
# Los puntos en donde queremos resolver el sistema:
r = np.concatenate( [ [10**-8], np.linspace(0.,np.pi/2,points)[1:] ])
# La condición inicial:
As = 1 - alpha**2*r**2/3 + alpha**2*(2 - 3*alpha**2 + 3*(4 + 3*alpha**2))*r**4/45 \
- r**6*alpha**2*(90*alpha**4 + 9*(42 - 45*alpha**4) \
- 6*(-8 + 60*alpha**2 + 45*alpha**4) \
+ 27*(32 + 75*alpha**2 + 45*alpha**4))/14175
deltas = alpha**2*r**2/2 + (alpha**2/6 + alpha**4/12)*r**4 \
- r**6*alpha**2*(90*alpha**4 - 45*alpha**2*(4 + alpha**2) \
+ 9*(4 - 30*alpha**2 - 45*alpha**4) \
+ 27*(2 + 15*alpha**2 + 15*alpha**4))/4050
# La condición inicial:
y0 = (As[0],deltas[0])
# El parámetro que define la pendiente del source:
params = [alpha,]
psoln = odeint(eqs, y0, r, args=(params,), full_output=0, printmessg=True, rtol=1E-11, atol=1e-11)
# Obtenemos nuestras soluciones:
A = psoln[:,0]
delta = psoln[:,1]
# El primer punto no tiene la solución en 0 si no en 10**-8. Corregimos con los valores conocidos:
A[0] = 1.
delta[0] = 0.
Pi = alpha*np.exp(delta)/A
return np.concatenate([np.zeros(ghost), Pi, np.zeros(ghost)])
############################################################
def sync(vector):
''' Esta función sincroniza los buffers de ghost points '''
# Izquierda a derecha:
comm.Sendrecv(vector[ghost:2*ghost], dest=ipl, recvbuf=vector[-ghost:], source=ipr)
comm.Barrier()
# Derecha a izquierda:
comm.Sendrecv(vector[Nx-ghost+1:Nx+1], dest=ipr, recvbuf=vector[0:ghost], source=ipl)
comm.Barrier()
@autojit
def sim5pto(dx, vector, y0, ghost):
integral = np.zeros_like(vector)
for i in range(ghost,Nx+1):
integral[i] = - 19*vector[i-2] + 346*vector[i-1] + 456*vector[i] - 74*vector[i+1] + 11*vector[i+2]
integral *= dx/720
if rank==0:
integral[ghost] = y0
integral = integral.cumsum()
suma = np.zeros(1)
# Los procesos que no son el 0 están bloqueados esperado la suma:
if rank != 0:
comm.Recv([suma, MPI.DOUBLE], source=ipl)
# Inicialmente, solo el 0 llega hasta aquí desencadenado la cascada:
integral += suma[0]
comm.Send([integral[Nx:Nx+1],MPI.DOUBLE], dest=ipr)
comm.Barrier()
return integral
@autojit
def derivada1a(dx, vector, ghost):
der = np.zeros_like(vector)
# Simétrica en 5 puntos:
for i in range(ghost,Nx+1):
der[i] = vector[i-2] - 8*vector[i-1] + 8*vector[i+1] - vector[i+2]
der /= 12*dx
return der
@autojit
def derivada2a_boundary(dx, vector):
''' Función para calcular la derivada segunda en el boundary. '''
der = -vector[Nx-2] + 16*vector[Nx-1] - 30*vector[Nx] + 16*vector[Nx+1] - vector[Nx+2]
der /= 12*dx**2
return der
@autojit
def disipacion8o(vector):
disipacion = np.zeros_like(vector)
# Generamos el vector disipación:
for i in range(ghost,Nx+1):
disipacion[i] = - vector[i+4] - vector[i-4] + 8*(vector[i+3] + vector[i-3]) \
- 28*(vector[i+2] + vector[i-2]) + 56*(vector[i+1] + vector[i-1]) \
- 70*vector[i]
disipacion *= Coef/dx
if rank==size-1:
for i in range(ghost):
disipacion[Nx-i] = 0.
if rank==0:
for i in range(ghost):
disipacion[ghost+i] = 0.
return disipacion
@autojit
def disipacion6o(vector):
disipacion = np.empty_like(vector)
# Generamos el vector disipación:
for i in range(ghost,Nx+1):
disipacion[i] = vector[i+3] - 6*(vector[i+2] + vector[i-2]) + 15*(vector[i+1] + vector[i-1]) - 20*vector[i] + vector[i-3]
disipacion *= Coef/dx
return disipacion
@autojit
def delta_A_M_solver(Phi, Pi, x, t):
rho = Phi**2 + Pi**2
integrando = -np.sin(x)*np.cos(x)*rho
delta = sim5pto(dx, integrando, 0, ghost)
# Necesitamos el valor del delta y de Pi en el boundary:
if rank == size-1:
delta_boundary = delta[Nx:Nx+1]
Pi_boundary = Pi[Nx:Nx+1]
else:
delta_boundary = np.zeros(1)
Pi_boundary = np.zeros(1)
comm.Bcast(delta_boundary, root=size-1)
comm.Bcast(Pi_boundary, root=size-1)
delta -= delta_boundary[0] # Elección del gauge
delta_boundary = np.zeros(1)
sync(delta)
# Para calcular A, utilizamos las expresión (8) de las notas de Javier:
# Primera parte de la integración:
integrando = rho*np.exp(-delta) - np.exp(-delta_boundary[0])*Pi_boundary[0]**2
integrando *= tan2x
# Valor regularizado del integrando calculado a partir de la expansión en serie:
if rank == size-1:
integrando[Nx] = 5*Pib(t)**4/2 + dPib(t)**2 - Pib(t)*ddPib(t)
integral = sim5pto(dx, integrando, 0, ghost)
# Calculamos la masa:
if rank==size-1:
M = np.exp(delta[Nx])*integral[Nx] - 0.5*np.pi*Pi[Nx]**2
else:
M = 0.
# Primera parte de la integral:
f = np.exp(delta)*(np.cos(x)**3)*integral
Omega = np.sin(x)
fovOmega = f/Omega
if rank==0:
fovOmega[ghost] = 0. # Regularización en x=0
A = 1 - fovOmega
# Segunda parte de la integral (parte resuelta analíticamente):
factor = -x*np.cos(x)**3/np.sin(x) + np.cos(x)**2
if rank==0:
factor[ghost] = 0. # Regularización en x=0
A -= np.exp(delta)*factor*np.exp(-delta_boundary[0])*Pi_boundary[0]**2
sync(A)
if rank==0:
X = dx*np.arange(-ghost,0)
A0 = np.matrix([[1,0,0],
[1, dx, dx**2],
[1, 2*dx, 4*dx**2]])
for f in [A, delta]:
# Cálculo de los coeficiente:
res = np.dot(inv(A0),f[ghost:ghost+3])
[[a0,b0,c0]] = np.matrix.tolist(res)
# Extrapolación:
f[0:ghost] = a0 + b0*X + c0*X**2
if rank==size-1:
X = dx*np.arange(1,ghost+1)
Ab = np.matrix([[1,-2*dx, 4*dx**2],
[1,-dx, dx**2],
[1,0,0]])
for f in [A, delta]:
# Cálculo de los coeficiente:
res = np.dot(inv(Ab),f[Nx-2:Nx+1])
[[ab,bb,cb]] = np.matrix.tolist(res)
# Extrapolación:
f[Nx+1:Nx+ghost+1] = ab + bb*X + cb*X**2
return delta, A, M
@autojit
def k_Phi_solver(A, delta, Phi, Pi, x, t):
der = np.empty_like(x)
disipacion = disipacion6o(Phi)
# El vector a derivar:
vector = A*np.exp(-delta)*Pi
der = derivada1a(dx, vector, ghost)
# Añadimos la disipación:
der += disipacion
return der
@autojit
def k_Pi_solver(A, delta, Phi, Pi, x, t):
der = np.empty_like(x)
disipacion = disipacion6o(Pi)
f = A*Phi*np.exp(-delta)
# La expresión siguiente tiene un problema para x=pi/2 y x=0 pero por razones distintas:
vector = f*tan2x
der = derivada1a(dx, vector, ghost)
der *= tan2xI
if rank==0:
# Punto i=0:
dPhi0 = 2*(8*Phi[ghost+1] - Phi[ghost+2]) # Por paridad
#dPhi0 = Phi[ghost-2] - 8*Phi[ghost-1] + 8*Phi[ghost+1] - Phi[ghost+2]
dPhi0 /= 12*dx
# Corregimos la derivada con el valor regular
der[ghost] = d*dPhi0*np.exp(-delta[ghost])
if rank==size-1:
# Punto i=Nx:
dPhiNx = dPib(t) # Forzamos el valor correcto en la frontera obtenido de la expansión en serie
# Corregimos la derivada con el valor regular
der[Nx] = dPhiNx
# Calculamos la derivada de f, que es perfectamente regular:
df = derivada1a(dx, f, ghost)
# El cociente tiene que ser regularizado en x=0, pi/2:
fov_Omega = f/Omega
if rank==0:
fov_Omega[ghost] = (d-1)*dPhi0*np.exp(-delta[ghost]) # Regularización en x=0
if rank==size-1:
fov_Omega[Nx] = (d-1)*dPhiNx # Regularización en x=pi/2
# Calculamos la derivada de f/Omega:
dfov_Omega = derivada1a(dx, fov_Omega, ghost)
if rank==size-1:
#for j in range(2*ghost,Nx):
for j in range(Nx-100,Nx):
# Sustituimos la derivada en los puntos interiores:
#der[j] = df[j] + df[j]/dOmega[j] - dfov_Omega[j]*Omega[j]/dOmega[j]
# f' (1 + 2/cos(2x)) - 0.5*tan(2x)(f/sin(x)cos(x))'
der[j] = df[j]*(1 + 2/np.cos(2*x[j]))- 0.5*np.tan(2*x[j])*dfov_Omega[j]
# Añadimos la disipación en las demás particiones:
der += disipacion
return der
@autojit
def MomentumConstraint(A, Ap, App, dt, Pi, Phi, delta):
Adot = App - 4*Ap + 3*A
Adot /= 2*dt
constraint = Adot + 2*np.exp(-delta)*np.sin(x)*np.cos(x)*Phi*Pi*A**2
return constraint
@autojit
def RK4Step(A, delta, Phi, Pi, x, Time, dt):
# Paso 1:
k_Phi1 = k_Phi_solver(A, delta, Phi, Pi, x, Time)
k_Pi1 = k_Pi_solver (A, delta, Phi, Pi, x, Time)
# Paso 2:
Phi_int = Phi + 0.5*dt*k_Phi1
Pi_int = Pi + 0.5*dt*k_Pi1
BC(Phi_int, Pi_int, Time+0.5*dt)
sync(Phi_int)
sync(Pi_int)
delta_int, A_int, aux = delta_A_M_solver(Phi_int, Pi_int, x, Time+0.5*dt)
k_Phi2 = k_Phi_solver(A_int, delta_int, Phi_int, Pi_int, x, Time+0.5*dt)
k_Pi2 = k_Pi_solver(A_int, delta_int, Phi_int, Pi_int, x, Time+0.5*dt)
# Paso 3:
Phi_int = Phi + 0.5*dt*k_Phi2
Pi_int = Pi + 0.5*dt*k_Pi2
BC(Phi_int, Pi_int, Time+0.5*dt)
sync(Phi_int)
sync(Pi_int)
delta_int, A_int, aux = delta_A_M_solver(Phi_int, Pi_int, x, Time+0.5*dt)
k_Phi3 = k_Phi_solver(A_int, delta_int, Phi_int, Pi_int, x, Time+0.5*dt)
k_Pi3 = k_Pi_solver(A_int, delta_int, Phi_int, Pi_int, x, Time+0.5*dt)
# Paso 4:
Phi_int = Phi + dt*k_Phi3
Pi_int = Pi + dt*k_Pi3
BC(Phi_int, Pi_int, Time+dt)
sync(Phi_int)
sync(Pi_int)
delta_int, A_int, aux = delta_A_M_solver(Phi_int, Pi_int, x, Time+dt)
k_Phi4 = k_Phi_solver(A_int, delta_int, Phi_int, Pi_int, x, Time+dt)
k_Pi4 = k_Pi_solver(A_int, delta_int, Phi_int, Pi_int, x, Time+dt)
# Actualizamos los vectores:
Phi += (k_Phi1 + 2*(k_Phi2 + k_Phi3) + k_Phi4)*dt/6
Pi += (k_Pi1 + 2*(k_Pi2 + k_Pi3 ) + k_Pi4 )*dt/6
BC(Phi, Pi, Time+dt)
sync(Phi)
sync(Pi)
return Phi, Pi
if __name__ == '__main__':
# Parseamos la linea de comandos:
parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument('-a','--alpha',help='Parámetro alpha',type=float)
parser.add_argument('-t','--tau',help='Parámetro tau',type=float)
args = parser.parse_args()
alpha = args.alpha
tau = args.tau
comm = MPI.COMM_WORLD
size = comm.Get_size()
rank = comm.Get_rank()
# Calculamos los ids de los procesos izq. y der. del actual:
ipr = rank + 1
ipl = rank - 1
if ipr==size:
ipr = MPI.PROC_NULL
if ipl<0:
ipl = MPI.PROC_NULL
# Coeficiente de disipación:
Coef = 0.005
Coef = 0.0
Coef = 0.00001
d = 3 # Dimensión de AdS_d+1
# Número de puntos de la simulacion:
points = 2**10
# Archivos de salida:
if Coef==0.:
fout_evolucion = 'DC_evolucion_Source_a%4.2f_t%4.2fx%i.%i.sin.nc' % (alpha, tau, points, rank)
fout_series = 'DC_series_Source_a%4.2f_t%4.2fx%i.%i.sin.nc' % (alpha, tau, points, rank)
else:
fout_evolucion = 'DC_evolucion_Source_a%4.2f_t%4.2fx%i.%i.nc' % (alpha, tau, points, rank)
fout_series = 'DC_series_Source_a%4.2f_t%4.2fx%i.%i.nc' % (alpha, tau, points, rank)
# Número de segmentos de la malla:
segments = points - 1
# Número de ghost points
ghost = 3
# Tamaño de las particiones:
chunk_size = points/size
# Índices inicial y final de las particiones:
slices = [(i*chunk_size,(i+1)*chunk_size+2*ghost) for i in range(size)]
# Vector x:
dx = 0.5*np.pi/segments
x = dx*np.arange(rank*chunk_size - ghost, (rank+1)*chunk_size + ghost)
# Calculamos el paso temporal:
Courant = 0.1
Courant = 0.5
dt = Courant*dx
if rank==0:
print(" Corriendo en %d cores" % size)
print("alpha = %4.2f" % alpha)
print("dt = %4.2e" % dt)
Nx, = x.shape
Nx -= (ghost + 1) # Corregimos la dimensión en el número de ghost points
tan2x = np.tan(x)**2
sinx = np.sin(x)
cosx = np.cos(x)
if rank == size-1:
tan2x[Nx] = np.inf
sinx[Nx] = 1.
cosx[Nx] = 0.
tan2xI = 1/tan2x
Omega = sinx*cosx/(d-1)
dOmega = (cosx**2 - sinx**2)/(d-1)
# Configuración a t=0:
Time = 0.
# Esta es una forma sencilla de construir los initial data:
i,f = slices[rank]
Pi = InitialPi_new(alpha, points)[i:f]
Phi = np.zeros_like(Pi)
# Solo el proceso rank+1 necesita el valor de Pi en el boundary:
if rank==size-1:
Pi0 = Pi[Nx]
print 'Pi0=', Pi0
# Podemos usar el código anterior para inicializar solo el valor de Pi en la frontera:
if True:
Pi = np.zeros_like(Phi)
# Inicializamos los buffers de ghost points:
BC(Phi, Pi, Time)
# Datos iniciales para A y delta:
delta, A, M = delta_A_M_solver(Phi, Pi, x, Time)
buffer_tmp = np.zeros_like(A)
comm.Allreduce(A, buffer_tmp, op=MPI.MIN)
Amin = buffer_tmp[ghost:Nx+1].min()
# Guardamos las configuraciones a t=0:
buffer_series = {'time' : [], 'Amin' : [], 'Masa' : [], 'Pi0' : [], 'VeV' : []}
buffer_series['time'].append(Time)
buffer_series['Amin'].append(Amin)
buffer_series['Masa'].append(M)
buffer_series['Pi0' ].append(Pi[Nx])
buffer_series['VeV' ].append(derivada2a_boundary(dx, Phi))
# Variables para calcular el MomentumConstraint:
Ap = np.zeros(A.shape)
App = np.zeros(A.shape)
constraint = np.zeros(A.shape)
crea_evolucion(fout_evolucion, x)
buffer_out(fout_evolucion, Time, Phi, Pi, A, delta, constraint)
crea_series(fout_series)
# Control del bucle principal:
EndTime = 1000.
Nt = int(EndTime/dt) # Número de iteraciones
tSave = 0.1
Nsave = int(tSave/dt)
for i in range(1,Nt):
# Guardamos el paso previo antes de sobrescribir:
App = Ap.copy()
Ap = A.copy()
# Avanzamos la solución en el tiempo:
Phi, Pi = RK4Step(A, delta, Phi, Pi, x, Time, dt)
delta, A, M = delta_A_M_solver(Phi, Pi, x, Time+dt)
Time += dt
# ALLreduce para el mínimo de A
comm.Allreduce(A, buffer_tmp, op=MPI.MIN)
Amin = buffer_tmp[ghost:Nx+1].min()
# Guardamos las series en el buffer:
buffer_series['time'].append(Time)
buffer_series['Amin'].append(Amin)
buffer_series['Masa'].append(M)
buffer_series['Pi0' ].append(Pi[Nx])
buffer_series['VeV' ].append(derivada2a_boundary(dx, Phi))
if (np.mod(i,Nsave)==0) or (Amin<0):
# Calculo del MomentumConstraint:
constraint = MomentumConstraint(A, Ap, App, dt, Pi, Phi, delta)
buffer_out(fout_evolucion, Time, Phi, Pi, A, delta, constraint)
escribe_series(fout_series, buffer_series)
# Reset del buffer:
buffer_series = {'time' : [], 'Amin' : [], 'Masa' : [], 'Pi0' : [], 'VeV' : []}
if rank==0:
print '--> Iteracion %i de %i Nt. t=%f' % (i,Nt,Time)
# Si se produce el colapso, A se va por debajo de cero:
if Amin<0:
break