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Commit 313c597

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test/afs.1.1.out

Lines changed: 5 additions & 5 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,9 +1,9 @@
1+
MEAN 3.333333e-01 6.666667e-01 1.666667e-01 0.000000e+00 0.000000e+00 0.000000e+00 0.000000e+00 0.000000e+00 1.666667e-01 0.000000e+00 0.000000e+00 0.000000e+00 0.000000e+00 0.000000e+00 0.000000e+00 0.000000e+00 0.000000e+00 0.000000e+00 0.000000e+00 0.000000e+00
12
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2-
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3+
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4+
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35
SITE 17 471 T C 6.543631e+01 1-1-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0
4-
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6+
SITE 17 471 T G 6.543631e+01 1-1-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0
57
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6-
SITE 17 3493 CA CAA 1.003531e+02 0-0-1-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0
7-
SITE 17 3493 CA C 1.003531e+02 0-0-1-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0-0
8-
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8+
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99
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test/test.pl

Lines changed: 1 addition & 1 deletion
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -2165,7 +2165,7 @@ sub test_plugin_afs
21652165
}
21662166
close($fh);
21672167
2168-
test_cmd($opts,%args,cmd=>qq[export BCFTOOLS_PLUGINS=$$opts{bin}/plugins; $$opts{bin}/bcftools +afs -a $$opts{tmp}/mpileup.bam.list -f $$opts{path}/mpileup/$ref $args{args}]);
2168+
test_cmd($opts,%args,cmd=>qq[export BCFTOOLS_PLUGINS=$$opts{bin}/plugins; $$opts{bin}/bcftools +afs -a $$opts{tmp}/mpileup.bam.list -f $$opts{path}/mpileup/$ref $args{args} | sort]);
21692169
}
21702170
sub test_plugin_split
21712171
{

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