Ramsses1216.md

title	subtitle	author	date	job	framework	highlighter	hitheme	widgets	mode	license	logo	knit	ext_widgets
Bases de données Dynafor	Point sur l'intégration des données	Wilfried Heintz	December 15, 2016	UMR 1201 Dynafor, INRA, Toulouse	io2012	highlight.js	tomorrow	bootstrap quiz	selfcontained	by-nc-sa	Dynafor.jpg	slidify::knit2slides	rCharts libraries/nvd3

Un serveur dédié

Pour des BDD partagées et pérennes

• Machine virtuelle hébergée et sauvegardée sur le datacenter
• Logiciel PostgreSQL
• Accessible à tous : 147.100.166.41
• ... Moyennant une authentification.

---

Des outils pour consulter

Phppgadmin

• Accessible en ligne depuis partout

• Via un navigateur Web

• http://dynafor.toulouse.inra.fr/phppgadmin

• Ergonomie limitée ...

---

Des outils pour consulter

PgAdmin4

• Client monoposte à installer

• Procédure d'authentification moins "immédiate"

• Ergonomie et fonctionnalités améliorées

---

Solutions pour déposer des données

Manuellement

• Avec phppgamdin ou en ligne de commande
• Tableau CSV -> table de base de données
• ! Respect de la structure de la table !

Automatiquement

• Nano-ordinateurs : BDD embarquée
• A ce propos : Journée RBDD "Cahiers de Terrain électroniques" http://rbdd.cnrs.fr/spip.php?article206
• Projet Pi4x4

---

Solutions pour déposer des données géographiques

Manuellement

• shp2pgsql
  shp2pgsql -s SRID myshapefile.shp myschema.mytable > myfile.sql

• ogr2ogr
  ogr2ogr -f 'PostgreSQL' PG:'host=myhost user=myloginname dbname=mydbname password=mypassword' myshapefile.shp

Avec assistant

• QGIS + DBManager

---

Des outils pour manipuler

QGIS

• Logiciel SIG libre et gratuit :-D

• Peut se connecter à une base pour afficher/éditer des données géographiques

• Ergonomie et fonctionnalités améliorées

---

Des outils pour manipuler

ArcGIS

• Logiciel SIG propriétaire et payant :-(

• Mais très utilisé et dispose d'un SAV !

• Peut se connecter à une base pour afficher/éditer des données géographiques

• Nécessite l'extension PostgreSQL Client Libraries

---

Des outils pour manipuler

R

• Logiciel libre et gratuit :-)
• Peut se connecter à une base pour générer un dataframe
• via un package (RPostgreSQL)

---

Quelques chiffres

Bases de données de projet

• 13 dont 12 spatiales
• 4 interfacées
• 2 diffusées sur Internet
• 2 éditées "en direct" par des agents Dynafor

=> N'hésitez plus à convertir vos données !

---

Focus sur EasyTrems

Bases de données dendromicrohabitats

• 7 niveaux hiérarchiques imbriqués

• 1 table relevés

• 4 tables référentielles (arbre,manip,espèce,genre)

• Interface Internet + Pi

---

Focus sur EasyTrems