restructuring

bactopia/databases/pubmlst/constants.py

@@ -0,0 +1,172 @@
+BASE_WEB_URL = {
+    "pubmlst": "https://pubmlst.org/bigsdb",
+    "pasteur": "https://bigsdb.pasteur.fr/cgi-bin/bigsdb/bigsdb.pl",
+}
+
+BASE_API_URL = {
+    "pubmlst": "https://rest.pubmlst.org",
+    "pasteur": "https://bigsdb.pasteur.fr/api",
+}
+
+# As of 2025/01/28, not all databases are available from the https://rest.pubmlst.org/db endpoint.
+# This is a static lists taken from the "Database Registrations" section under "My Account"
+AVAILABLE_DATABASES = {
+    "pubmlst": {
+        "achromobacter": "Achromobacter",
+        "abaumannii": "Acinetobacter baumannii",
+        "aeromonas": "Aeromonas",
+        "aactinomycetemcomitans": "Aggregatibacter actinomycetemcomitans",
+        "aphagocytophilum": "Anaplasma phagocytophilum",
+        "arcobacter": "Arcobacter",
+        "afumigatus": "Aspergillus fumigatus",
+        "aparagallinarum": "Avibacterium paragallinarum",
+        "bcereus": "Bacillus cereus",
+        "blicheniformis": "Bacillus licheniformis",
+        "bsubtilis": "Bacillus subtilis",
+        "bfragilis": "Bacteroides fragilis",
+        "bbacilliformis": "Bartonella bacilliformis",
+        "bhenselae": "Bartonella henselae",
+        "bwashoensis": "Bartonella washoensis",
+        "blastocystis": "Blastocystis",
+        "borrelia": "Borrelia",
+        "brachyspira": "Brachyspira",
+        "brucella": "Brucella",
+        "bcc": "Burkholderia cepacia complex",
+        "bmallei": "Burkholderia mallei",
+        "bpseudomallei": "Burkholderia pseudomallei",
+        "campylobacter": "Campylobacter jejuni/coli",
+        "campylobacter_nonjejuni": "Campylobacter non jejuni/coli",
+        "calbicans": "Candida albicans",
+        "cglabrata": "Candida glabrata",
+        "ckrusei": "Candida krusei",
+        "ctropicalis": "Candida tropicalis",
+        "liberibacter": "Candidatus Liberibacter solanacearum",
+        "cmaltaromaticum": "Carnobacterium maltaromaticum",
+        "chlamydiales": "Chlamydiales",
+        "cfreundii": "Citrobacter spp.",
+        "csinensis": "Clonorchis sinensis",
+        "cdifficile": "Clostridioides difficile",
+        "cbotulinum": "Clostridium botulinum",
+        "cchauvoei": "Clostridium chauvoei",
+        "cperfringens": "Clostridium perfringens",
+        "csepticum": "Clostridium septicum",
+        "cronobacter": "Cronobacter",
+        "pacnes": "Cutibacterium acnes",
+        "dnodosus": "Dichelobacter nodosus",
+        "edwardsiella": "Edwardsiella",
+        "ecloacae": "Enterobacter cloacae",
+        "efaecalis": "Enterococcus faecalis",
+        "efaecium": "Enterococcus faecium",
+        "escherichia": "Escherichia",
+        "fpsychrophilum": "Flavobacterium psychrophilum",
+        "gallibacterium": "Gallibacterium anatis",
+        "geotrichum": "Geotrichum",
+        "hparasuis": "Glaesserella parasuis",
+        "hinfluenzae": "Haemophilus influenzae",
+        "hcinaedi": "Helicobacter cinaedi",
+        "helicobacter": "Helicobacter pylori",
+        "hsuis": "Helicobacter suis",
+        "kaerogenes": "Klebsiella aerogenes",
+        "koxytoca": "Klebsiella oxytoca species complex",
+        "kseptempunctata": "Kudoa septempunctata",
+        "lsalivarius": "Lactobacillus salivarius",
+        "lgarvieae": "Lactococcus garvieae",
+        "llactis_phage": "Lactococcus lactis 936-like bacteriophage",
+        "leptospira": "Leptospira spp.",
+        "mcanis": "Macrococcus canis",
+        "mcaseolyticus": "Macrococcus caseolyticus",
+        "msciuri": "Mammaliicoccus sciuri",
+        "mhaemolytica": "Mannheimia haemolytica",
+        "mplutonius": "Melissococcus plutonius",
+        "mycobacteria": "Mycobacteria",
+        "mabscessus": "Mycobacteroides abscessus complex",
+        "magalactiae": "Mycoplasma agalactiae",
+        "manserisalpingitidis": "Mycoplasma anserisalpingitidis",
+        "mbovis": "Mycoplasma bovis",
+        "mflocculare": "Mycoplasma flocculare",
+        "mgallisepticum": "Mycoplasma gallisepticum",
+        "mgenitalium": "Mycoplasma genitalium",
+        "mhominis": "Mycoplasma hominis",
+        "mhyopneumoniae": "Mycoplasma hyopneumoniae",
+        "mhyorhinis": "Mycoplasma hyorhinis",
+        "mhyosynoviae": "Mycoplasma hyosynoviae",
+        "miowae": "Mycoplasma iowae",
+        "mpneumoniae": "Mycoplasma pneumoniae",
+        "msynoviae": "Mycoplasma synoviae",
+        "neisseria": "Neisseria",
+        "oralstrep": "Oral Streptococcus",
+        "otsutsugamushi": "Orientia tsutsugamushi",
+        "orhinotracheale": "Ornithobacterium rhinotracheale",
+        "plarvae": "Paenibacillus larvae",
+        "pmultocida": "Pasteurella multocida",
+        "ppentosaceus": "Pediococcus pentosaceus",
+        "pdamselae": "Photobacterium damselae",
+        "psalmonis": "Piscirickettsia salmonis",
+        "plasmid": "Plasmid",
+        "pgingivalis": "Porphyromonas gingivalis",
+        "proteus": "Proteus",
+        "providencia": "Providencia",
+        "paeruginosa": "Pseudomonas aeruginosa",
+        "pfluorescens": "Pseudomonas fluorescens",
+        "pputida": "Pseudomonas putida",
+        "rhodococcus": "Rhodococcus",
+        "ranatipestifer": "Riemerella anatipestifer",
+        "salmonella": "Salmonella",
+        "sparasitica": "Saprolegnia parasitica",
+        "serratia": "Serratia",
+        "shewanella": "Shewanella",
+        "sinorhizobium": "Sinorhizobium",
+        "saureus": "Staphylococcus aureus",
+        "schromogenes": "Staphylococcus chromogenes",
+        "sepidermidis": "Staphylococcus epidermidis",
+        "shaemolyticus": "Staphylococcus haemolyticus",
+        "shominis": "Staphylococcus hominis",
+        "spseudintermedius": "Staphylococcus pseudintermedius",
+        "smaltophilia": "Stenotrophomonas maltophilia",
+        "sagalactiae": "Streptococcus agalactiae",
+        "sbsec": "Streptococcus bovis/equinus complex",
+        "scanis": "Streptococcus canis",
+        "sdysgalactiae": "Streptococcus dysgalactiae",
+        "sgallolyticus": "Streptococcus gallolyticus",
+        "siniae": "Streptococcus iniae",
+        "smitis": "Streptococcus mitis",
+        "spneumoniae": "Streptococcus pneumoniae",
+        "spyogenes": "Streptococcus pyogenes",
+        "ssuis": "Streptococcus suis",
+        "sthermophilus": "Streptococcus thermophilus",
+        "suberis": "Streptococcus uberis",
+        "szooepidemicus": "Streptococcus zooepidemicus",
+        "streptomyces": "Streptomyces",
+        "taylorella": "Taylorella",
+        "tenacibaculum": "Tenacibaculum",
+        "tpallidum": "Treponema pallidum",
+        "tvaginalis": "Trichomonas vaginalis",
+        "ureaplasma": "Ureaplasma",
+        "vcholerae": "Vibrio cholerae",
+        "vparahaemolyticus": "Vibrio parahaemolyticus",
+        "vtapetis": "Vibrio tapetis",
+        "vibrio": "Vibrio",
+        "vvulnificus": "Vibrio vulnificus",
+        "wolbachia": "Wolbachia",
+        "xcitri": "Xanthomonas citri",
+        "xfastidiosa": "Xylella fastidiosa",
+        "yruckeri": "Yersinia ruckeri",
+        "yersinia": "Yersinia",
+    },
+    "pasteur": {
+        "bordetella": "Bordetella",
+        "perfringens": "Clostridium perfringens",
+        "diphtheria": "Corynebacterium",
+        "elizabethkingia": "Elizabethkingia",
+        "ecoli": "Escherichia coli",
+        "kingella": "Kingella kingae",
+        "klebsiella": "Klebsiella",
+        "leptospira": "Leptospira",
+        "listeria": "Listeria",
+        "mycoabscessus": "Mycobacterium abscessus",
+        "epidermidis": "Staphylococcus epidermidis",
+        "staphlugdunensis": "Staphylococcus lugdunensis",
+        "streptothermophilus": "Streptococcus thermophilus",
+        "yersinia": "Yersinia",
+    },
+}