Este repositorio reúne scripts, conjuntos de datos y salidas gráficas asociadas a distintos análisis de conectividad ecológica y priorización de áreas, generados mediante las funciones del paquete Makurhini de R. Los datos crudos fueron proporcionados durante el curso Enfoques, Métodos y Herramientas para el Análisis de la Conectividad Ecológica de la Red de Ciencia de Datos para la Conservación de la Biodiversidad Mesoamericana y la Carrera de Ingeniería en Computación del Tecnológico de Costa Rica y son abiertos.
scripts
La carpeta scripts contiene los archivos .R que contienen todos los procedimientos para el análisis de conectividad:
Estadísticas_centralidad.R
Este script calcula y visualiza índices de centralidad de parches de hábitat para evaluar la conectividad del paisaje desde una perspectiva de ecología del paisaje. Utiliza Makurhini para estimar métricas de red (Strength y BWC) a partir de distancias entre centroides de parches, bajo un umbral de dispersión definido, y luego clasifica estos valores mediante cuantiles y Jenks para resaltar patrones espaciales. Finalmente, genera mapas temáticos que identifican parches clave para el flujo ecológico y la priorización en conservación y restauración del paisaje.
Estadísticas_fragmentacion.R
Este script evalúa la fragmentación del paisaje a partir de parches de hábitat usando el paquete Makurhini, integrando métricas a escala de parche, paisaje y grilla. Calcula índices estructurales como área núcleo, borde, forma y densidad de malla efectiva (MESH), interpreta estos como indicadores del grado de interrupción del movimiento ecológico y los representa cartográficamente. Además, explora la sensibilidad de la fragmentación a distintas distancias de borde mediante bucles iterativos y estima MESH espacialmente explícito sobre una grilla regular, generando mapas que permiten identificar zonas críticas de alta fragmentación y apoyar decisiones de conservación y restauración del paisaje.
Índice_integral_conectividad.R
Este script calcula índices integrales de conectividad del paisaje usando el paquete Makurhini, enfocándose en el Integral Index of Connectivity (IIC) y el Probability of Connectivity (PC) bajo distintos supuestos ecológicos de dispersión. A partir de nodos de hábitat, estima la conectividad global y la contribución individual de cada parche (dIIC y dPC) considerando distancias euclidianas entre centroides o bordes, umbrales de dispersión de 10 km, probabilidades de conexión y, opcionalmente, el área total del paisaje. El script explora configuraciones avanzadas como fracciones de borde, paralelización para grandes redes y visualiza la importancia relativa de los parches mediante clasificaciones Jenks y mapas temáticos. Finalmente, calcula conectividad funcional basada en costos, incorporando una matriz de resistencia (huella espacial humana) para ilustrar cómo el paisaje modula el movimiento ecológico, integrando teoría de grafos, ecología del movimiento y análisis espacial aplicado a la conservación.
Indice_conectividad.R
Este script realiza un análisis espacial de conectividad ecológica del paisaje a partir de parches de hábitat, utilizando los índices Integral Index of Connectivity (IIC) y Probability of Connectivity (PC) del paquete Makurhini en R. A partir de shapefiles de parches y del paisaje total, el código calcula el aporte relativo de cada parche a la conectividad global mediante los indicadores dIIC y dPC, así como sus componentes intra, flux y connector, bajo un umbral de distancia definido. Los resultados se clasifican mediante intervalos de Jenks y se representan en mapas temáticos con ggplot2, que permiten identificar parches núcleo y nodos conectores clave. Finalmente, el script exporta las salidas gráficas, facilitando la priorización de áreas para conservación, restauración y diseño de corredores ecológicos dentro de la planificación espacial del paisaje.
Conectividad_dinamica.R
Este script implementa un análisis de conectividad ecológica dinámica para evaluar cambios temporales en la conectividad funcional del paisaje utilizando el índice Equivalent Connected Area (ECA) y su variación temporal (dECA), a partir del índice de Probabilidad de Conectividad (PC) del paquete Makurhini. El código calcula el ECA global para un escenario inicial, lo expresa de forma relativa respecto al área total del paisaje y al área de hábitat, y luego compara múltiples momentos temporales mediante una lista de shapefiles de parches. A partir de estos insumos, se estima el dECA entre periodos sucesivos, permitiendo cuantificar ganancias o pérdidas de conectividad a lo largo del tiempo. Finalmente, el análisis se espacializa sobre una grilla hexagonal, generando mapas temáticos que identifican zonas con mayores cambios en conectividad, útiles para el monitoreo, la priorización espacial y la evaluación de escenarios de conservación y restauración del paisaje.
Conectividad_restauracion_prio.R
Este script desarrolla un flujo integral de análisis de restauración ecológica basada en conectividad del paisaje, combinando escenarios de restauración de parches, análisis focal y priorización de corredores mediante índices de conectividad funcional del paquete Makurhini. El código simula la restauración de un subconjunto de parches de hábitat y evalúa su efecto sobre la Probabilidad de Conectividad (PC), generando mapas de ganancia relativa (dPCres) para identificar parches con mayor potencial de restauración. Posteriormente, aplica el análisis de paisajes focales para descomponer la conectividad en sus fracciones intra, flux y connector, además de un índice de conectividad compuesto (IComp), permitiendo una evaluación multiescalar del rol de cada parche. Finalmente, el script identifica y prioriza enlaces y corredores de menor costo mediante superficies de resistencia, analizando la pérdida de conectividad asociada a la eliminación de enlaces (dPC_removal) y produciendo mapas que apoyan la toma de decisiones en restauración ecológica, planificación espacial y diseño de corredores prioritarios.
Protcon.R
Este script realiza un análisis de conectividad de áreas protegidas (ProtConn) a escala ecorregional utilizando el paquete Makurhini. A partir de capas de áreas protegidas y ecorregiones, el código clasifica las áreas protegidas en nacionales, subnacionales y transnacionales, genera una visualización integrada de su distribución espacial y recorta las áreas de estudio a una ecorregión específica. Posteriormente, calcula el índice ProtConn, que cuantifica la proporción del territorio protegido que se encuentra funcionalmente conectado bajo un umbral de distancia y una probabilidad de conexión definidos, incorporando explícitamente la conectividad transfronteriza. Los resultados se presentan en mapas temáticos que permiten evaluar la efectividad espacial del sistema de áreas protegidas y apoyar la planificación de redes de conservación y estrategias de conectividad a escala regional y transnacional.
Evaluación_conectividad_AP.R
Este script implementa un flujo completo de análisis y visualización de conectividad de áreas protegidas a escala de ecorregiones usando Makurhini en R. Integra datos espaciales (APs y ecorregiones), separa áreas protegidas nacionales, subnacionales y transnacionales, y genera mapas temáticos con ggplot2. La conectividad protegida se evalúa mediante las funciones MK_ProtConn y MK_ProtConnMult, considerando umbrales de distancia, probabilidad de conexión y efectos transfronterizos, tanto a nivel de una ecorregión focal (Bosques secos Apuré–Villavicencio) como para todas las ecorregiones. Además, se calcula la contribución individual de cada área protegida (delta Prot y delta ProtConn), clasificada mediante intervalos de Jenks y cuantiles, y se exportan mapas finales que permiten identificar ecorregiones con redes bien conectadas y aquellas prioritarias para estrategias de fortalecimiento de la conectividad
images
Contiene las salidas gráficas de los análisis en formato png