ncov_sit-rep_ar_2020-05-15.md

title	authors	authorLinks	affiliations	translators	translatorLinks	license	licenseLink	dataset	abstract
التحليل الجينومي لكوفيد-19. تقرير حالة. 15 ايار 2020	Sidney M. Bell Emma Hodcroft Nicola Müller Cassia Wagner James Hadfield Richard Neher Trevor Bedford	https://twitter.com/sidneymbell https://neherlab.org/emma-hodcroft.html https://bedford.io/team/nicola-mueller/ https://bedford.io/team/cassia-wagner/ https://bedford.io/team/james-hadfield/ https://neherlab.org/richard-neher.html https://bedford.io/team/trevor-bedford/	Fred Hutch, Seattle, USA; Biozentrum, Basel, Switzerland; CZI, CA, USA	Ahmad Saleh Fadi Alnaji	https://twitter.com/DrSalehAhmad https://twitter.com/biofadialnaji	CC-BY	https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/	https://nextstrain.org/ncov/global/2020-05-14?d=tree&l=clock&legend=closed	تستخدم تقارير الحالة من نيكست سترين البيانات الجينومية التي يتم مشاركتها للعموم من أجل تتبع إنتشار وتطور سارس-كو-في-2. نقدم في تقرير هذا الأسبوع عرضاً للطفرات الفيروسية وماذا يمكن أن تعني (أو لا تعني) بالنسبة لجائحة كوفيد-19.

الملخص التنفيذي

قمنا هنا بتحليل جينومات 5139 فيروس تم مشاركتها للعموم. من خلال مقارنة هذه الجينومات ببعضها البعض، نستطيع أن نحدد كيف يتطور فيروس سارس-كو-في-2 وكيف يتنقل حول العالم. نركز في تقرير هذا الاسبوع على الطفرات الفيروسية. ونوثق ما يلي:

• من أين تأتي الطفرات الفيروسية (وهي أمر طبيعي)
• معدل حدوث الطفرات في سارس-كو-في-2 (معدل طبيعي جداً)
• كم سلالة من فيروس سارس-كو-في-2 تدور في العالم (هناك سلالة وحدة على حد علمنا)
• كيف للجغرافيا وعلم الاوبئة أن يساهما في اختلافات ملموسة في الانواع الجينية الفيروسية (هذا مخادع)

مصادر كوفيد-19

مصادر Nextstrain

• ابدأ هنا: كيف تقرأ شجرة التصنيف الجيني.
• تقارير حالة سابقة.
• ثريدات تويتر توضيحية.
• خلفية علمية عن فيروسات كورونا.
• مفاهيم عامة خاطئة.

مصادر خارجية

• كيف تظهروتنتشر طفرات فيروسات كورونا (صحيفة نيويورك تايمز).
• اسأل عالما والاسئلة الشائعة.
• تقارير منظمة الصحة العالمية.
• مصادر مركز مكافحة الامراض الامريكي.

# توقف إصدار تقارير الحالة
<p>
مع البدايات المبكرة للجائحة، لم يكن من الواضح كيف يتحرك أو يتنقل فيروس سارس-كو-في-2 بين الدول، وأين كان يدور محلياً، وكيف كانت ترتبط الانتشارات الوبائية المحلية.
قمنا خلال الاربعة أشهر الماضية بمعالجة هذه الاسئلة وغيرها من خلال تقارير الحالة الأسبوعية الخاصة بنا. في هذا المرحلة من الجائحة، من الواضح أن بعض أنماط الانتشار الواسع متوافقة بشكل كبير بين المناطق والدول.  
</p>
<p/>

- الانتشارات الوبائية حتى بين الاجزاء البعيدة من العالم متداخلة بعمق.<p/>

- من خلال السفر والهجرة البشرية، تم ادخال الفيروس الى معظم المجتمعات عدة مرات.<p/>  

- بمجرد ان تهبط هذه الشرارات في مجتمع جديد، العدديد منها يتلاشى دون التسبب بانتشارات وبائية واسعة. اعتماداً على ظروف محلية وقليلاً من الحظ بعض هذه الشرارات نمت الى انتشارات وبائية محلية.<p/>  

- بالنهاية، ارسلت هذا الانتشارات الوبائية المحلية شراراتها لتنتشر في مواقع جديدة.  
<p/>

من غير المفاجئ أن نرى هذا النمط في الدول التي اختبرت الموجة الاولى من العدوى. وما يدق ناقوس الخطر،  هو اننا نرى ايضاً هذا النمط بعد اعادات ادخال للفيروس الى دول تجاوزت قمة منحنى العدوى الاولى قبل اشهر من ذلك.
في النتيجة، هذا النمط لا يمكن كسره فقط الا من خلال أن تكون الدولة قادرة على الفحص، التتبع، والعزل الفوري للحالات.
<br><br

هذا يعني أن الانتشارات الوبائية في العالم مترابطة بعمق، وأن المعركة ضد كوفيد-19 هي دائما معركة عالمية--وهذا يعني أنه لا يمكننا محاصرة الفيروس في أي مكان بدون متابعته في كل مكان.
<br><br>

في هذه المرحلة من الجائحة، علم الاوبئة الجينومي هو الاكثر حاجة ملحة في المجتمعات المحلية وما فوقها من خلال مكاتب الصحة العامة المحلية
<br><br>

وعلى هذا الاساس، سيكون هذا هو تقريرنا الأخير لفترة من الوقت، على الرغم بأننا نهدف لدعم تقارير مشابهة من مختصي الصحة العامة
<br><br>

وبالطبع سنستمر بالتحديث اليومي للبناءات (اشجار التصنيف الجيني) المحلية والعالمية مع توفر تسلسلات جينومية جديدة.
في حال أن صورة البيانات الكبيرة أوحت بشيء جديد فسنقوم باصدار تقارير حالة اضافية.
كل تلك التقارير سيتم نشرها على  [موقع Nextstrain  على تويتر](https://twitter.com/nextstrain) (كما هو دائماً).  
<br><br>

يمكنك أيضاً أن تجد <a href="https://nextstrain.org/ncov-sit-reps/"> كل تقارير الحالة السابقة هنا</a>.

التغيرات في الجنومات الفيروسية مع الوقت هو أمر طبيعي

سارس-كو-في-2 والمسبب لمرض كوفيد-19 هو فيروس كورونا. مثل بقية فيروسات كورونا فان سارس-كو-في-2 يمتلك جينوم مشفر في RNA وليس DNA.

تصيب الفيروسات الخلايا لأنها تحتاج لأن تقترض الاليات الخلوية من أجل أن تتضاعف. هذه العملية بالنسبة لفيروسات ار ان اي مرتبطة بحدوث أخطاء بشكل شائع، حيث أن معظم انزيمات بلمرة ار ان اي (وهي الالات الخلوية التي تستخدم لبناء نسخ جديدة من ار ان اي) غير قادرة على تدقيق القراءة وتصحيح اعمالها. وهذا سيقود الى طفرات متكررة في الجينوم الفيروسي: وهذا طبيعي ومتوقع.

من المهم معرفته أن الغالبية الساحقة من هذه الطفرات هي اما انها تؤدي لتدمير الفيروس حيث أنها لا تستطيع الانتقال و-أو التضاعف أكثر من ذلك، أو أنها لا تسبب أي تغير على الفيروس اطلاقاً بسبب التشفير المتذبذب. وهذا يعني بأن هذه الطفرات لا تسبب تغيير على البروتينات، وكذلك على وظيفتها لدى الفيروسات بأي طريقة. بعض التغيرات الاخرى ممكن أن تعدل قليلا في البروتين الفيروسي، بدون أن تؤثر نهائياً في وظيفته. وفي حالات نادرة، يساعد التغير في الشيفرة الجينية للفيروس على التضاعف و-أو الانتشار بشكل أفضل، ولكن تقريبا كل هذه التغيرات ما زالت تمتلك تأثيرات قلية فقط.

التنوع في الشيفرة الجينية للفيروس مفيد في تتبع الانتشارات الوبائية

يمكن أن تستخدم هذه التغيرات في الجينومات "كفتات الخبز" في تتبع تاريخ عينة معينة. تماماً كما أن الاشخاص في عائلتك يتشاركون مجموعات من الخصائص الجينية الفريدة، فعينات الفيروس القريبة من بعضها بشكل كبير تتشارك مجموعات من الطفرات الجينية الفريدة.

على سبيل المثال، نظهر هنا شجرة عائلة فيروسية حيث أن كل كل عينة ملونة تبعاً لكل حمض أميني موجود في موقع محدد في الجينوم الفيروسي ( الجين " اطار القراءة الثالث أ" ، الموقع 57.

بتظليل العينات من نيويورك، نستطيع أن نشاهد أن معظم الحالات من نيويورك ومن أوروبا تمتلك الحمض الاميني هيستيدين (H) وليس جلوتامين (Q) على هذا الموقع. هذا بالاضافة الى مواقع أخرى في هذا الجينوم فهي تخبرنا بأن جميع هذه الحالات مرتبطة جدا ببعضها البعض

يمكنك ايضاً مشاهدة الموقع في جين " اطار القراءة الثالث أ" والمظلل على الشريط في الجانب السفلي الأيسر

من أجل توضيح أعمق لهذه المفاهيم، نوصي هذا التوضيح المرئي بواسطة Jonathan Corum and Carl Zimmer.

المعدل التطوري لسارس-كو-في-2 هو طبيعي بالنسبة لفيروس كورونا

لأن هذه التغيرات تحدث بشكل لا يمكن تجنبه، فان هذه التغيرات تميل الى التراكم بمعدل ثابت مع الوقت.

هنا، المحور السيني يظهر التاريخ الذي جمعت فيه العينة. المحور الصادي، يظهر " العدد الكلي" للطفرات لكل سلالة والتي تبتعد بها عن جذر الشجرة. كل عينة ملونة بالتاريخ الذي جمعت به.

بينما هن المؤكد أن هناك بعض القيم المتطرفة، بالمعدل، نستطيع ان نشاهد تراكم تغيرات بمعدل تقريبا 24 استبدال في السنة. هذا يعني أنه لفيروس منفرد ينتقل من شخص لاخر لسنة كاملة فيمكننا توقع ان جينومه يمكن ان يتراكم به تقريبا 24 استبدال مع نهاية العام. وكما أن جينوم فيروس سارس-كو-في-2 كاملاً يحتوي على 30 الف قاعجة تقريبا، فهذا يعادل تقريبا طفرة لكل 1000 قاعدة في السنة.

للمقارنة، فان فيروس الانفلونزا يمكن بالمعدل أن يحدث طفرتين لكل 1000 قاعدة في السنة، في حين أن فيروس نقص المناعة البشرية المسبب لمرض الايدز يمكن بالمعدل أن يحدث تقريبا اربعة طفرات لكل 1000 قاعدة بالسنة.

على حد علمنا ، هناك سلالة واحدة فقط من سارس-كو-في-2

كانت هناك العديد من التقارير حول "سلالات" متعددة من سارس-كو-في-2. أولاً ، للتوضيح: عندما يستخدم علماء الفيروسات كلمة "سلالة" ، غالبًا ما تكون مجرد اشارة مرجعية مفيدة حتى نتمكن من الرجوع إلى نفس المجموعة من العينات (على سبيل المثال ، الكلمة clade لدينا ، الموضحة هنا، وتعني تجمع عنقودي لبعض الطفرات). هذا لا يعني أي فرق وظيفي معروف.

بشكل منفصل ، يمكن استخدام "سلالة" للإشارة إلى الأنماط الجينية الفيروسية المتميزة وظيفياً ، إما بيولوجيًا (على سبيل المثال ، المرضية / او شدة المرض اللذي تتسبب به) و / أو وبائيًا (على سبيل المثال ، قابلية الانتقال). والأهم من ذلك ، تحديد ما إذا كان هناك نوعان وراثيان بالفعل من الفيروس * متميزان من الناحية الوظيفية * يتطلب بيانات تجريبية وسريرية ووبائية أكثر بكثير مما لدينا حاليًا.

تقارن واحدة من أبرز الفرضيات حول سلالات سارس-كو-في-2 الطفرة "D614" بالطفرة "G614".

قد تتعلق D614G بقابلية النقل ، ولكن يمكن أيضًا تفسيرها بالجغرافيا

في منشور غير مدقق تم اقتراح الطفرة D614G (تغير الحمض الأميني "D" إلى "G" في الموقع 614 من الجينوم وتحديدا في بروتين "S") بأنها قد تكون مسؤولة عن زيادة قابلية انتقال سارس-كو-في-2

في العديد من المناطق الجغرافية ، زاد الحدوث النسبي للطفرة 614G مقارنة بـ 614D مع مرور الوقت. إذا أدى نوع معين من الطفرات الجينية إلى قابلية انتقال أفضل للفيروس، فإننا نتوقع أن يزداد تواترها بمرور الوقت. ومع ذلك ، هناك تفسيرات أخرى لسبب زيادة التكرار النسبي لبعض الأنماط الجينية مع مرور الوقت.

بالنسبة لموقع هذه الطفرة في الجينوم ، نرى عددًا من المواقع الجغرافية حيث كان لدى معظم الفيروسات المتفشية في البداية الحمض الأميني D ؛ في وقت لاحق ، يتغير هذا التوازن بحيث تحتوي معظم الفيروسات على الحمض الأميني G. يمكن أن يكون هذا * سمة مميزة للفيروس الحامل الحمض الأميني G كونه "أكثر قدرة على الانتشار" قليلاً من الفيروس الحامل للحمض الأميني D (على سبيل المثال ، إذا كانت الفيروسات ذات الطفرة G لديها R0 أعلى قليلاً من خلال زيادة قابلية الانتقال).

R0 هو يعرف برقم الاستساخ، ويعني عدد الاصابات التي يحدثها فيروس واحد بين اشخاص معرضين للاصابة

ومع ذلك ، يمكن أن يكون هذا أيضًا مجرد تأثير جانبي للتاريخ الطبيعي للوباء. في وقت مبكر من الوباء ، كانت معظم السلالات المصدرة من الصين لديها الحمض الأميني D. في وقت لاحق ، كان لدى معظم السلالات من إيطاليا الحمض الأميني G. لقد شهدنا مؤخرًا انتشارا للفيروس من أوروبا أكثر من الانتشار من آسيا بشكل عام (على الرغم من وجود بعض التحيز في العينات هنا أيضًا). وبالتالي ، يمكن أن يكون هذا النوع الجيني المحدد محظوظًا ، وينتشر بسرعة كبيرة لأنه وصل إلى هناك أولاً.

هناك قدر لا بأس به من الجدل بشأن المزايا النسبية لهاتين الفرضيتين. سيكون من المهم أن نفرّق بين هذين الموضوعين بعناية ، ولكن ليس لدينا إجماع علمي حول هذه المسألة حتى الآن. للمزيد من التفاصيل انظر هنا.

ماذا تفعل

...كفرد في المجتمع

• قم بالتقيد بالحجر الصحي، تحديدا إذا كنت في مجموعة هي عرضة للوباء
• تذكر ، حتى لو لم تكن عرضة للوباء، فهناك العديد من الأشخاص حولنا قد يكونون. فتقيد بالحجر لحمايتهم
• اغسل بديك "كانك تريد تغيير عدساتك اللاصقة بعد ان قمت بتقطيع الفلفل"
• ابق في المنزل قدر ما تستطيع -- بشكل مخصوص إذا كنت مريضا، كن مستعدا وتزود باحتياجات اضافية في حال اضطررت للحجر الذاتي.
• إذا كنت رب عمل، شجع موظفيك على العمل من البيت ان كان ذلك ممكنا

...كشخص في موقع مسؤولية

• اجعل الفحوصات مجانية ومتوفرة بكثرة
• ضع تدابير التباعد الاجتماعي وتابع تنفيذها بفعالية على ارض الواقع
• قم بتمويل وتطبيق جهود متابعة التواصل المكثفة.
• ادعم ماديا أولئك المتضررين مم التباعد الاجتماعي ( العمالة الذين يعملون بنظام الوقت الساعي، اولئك الذين يعتنون بالكبار والأطفال, والمشاريع الصغيرة،...الخ).

# الاستنتاجات والحقائق الحالية

#### تكتسب الفيروسات بشكل طبيعي طفرات أثناء تكاثرها. هذا امر طبيعي. يمكن أن تساعد الطفرات أيضًا في تتبع مسار الأوبئة.  

#### معدل طفرات سارس-كو-في-2 نموذجي جدًا للفيروسات التاجية.

#### على حد علمنا ، لا يوجد سوى "سلالة" وظيفية واحدة من سارس-كو-في-2  

#### إن تحليل التأثير البيولوجي لطفرات معينة أمر صعب - يمكن أن تعزى العديد من الاختلافات الملحوظة إلى عوامل الصدفة والوبائيات.

الحقوق العلمية

نود أن نشيد بالعمل الرائع وفي الوقت المناسب الذي قام به جميع العلماء المشاركين.لا يمكن إجراء تحليلات مثل هذه التحليلات، الا من خلال التقاسم السريع للبيانات الجينية والبيانات الوصفية.

نشجعك على النقر فوق "استكشف البيانات بنفسك" وتحريك الشاشة للأسفل للحصول على قائمة كاملة بالمؤلفين ؛ مؤلف كل تسلسل متاح بمجرد التأشير عليه على الشجرة

كما نثمن بقوة ونشكر GISAID على تزويدهم لنا بمنصتهم والتي تم من خلالها تحميل وتحليل البيانات. نقدر جهودهم الكبيرة لصيانة واتاحة هذه المنصة لمشاركة السلاسل الحيوة للفيروس