pubmed.rb

PubMed ID から論文のリファレンスを作成して、表示するプラグイン。

入手

http://itoshi.tv/p/pubmed.rb

使い方

<%= pubmed 'PubMed ID' %>

のように PubMed ID を書くと、Nature誌のフォーマットでreferenceが表示されます。

http://itoshi.tv/p/pubmed.rb からダウンロードできます。

インストール

BioRubyのインストール

動作にはBioRubyが必要です。BioRubyは以下のようにインストールしてください。

$ wget http://bioruby.org/archive/bioruby-0.6.2.tar.gz
$ tar zxvf bioruby-0.6.2.tar.gz 
$ cd bioruby-0.6.2
$ ruby install.rb config
$ ruby install.rb setup
$ sudo ruby install.rb install

インストールが成功したかは、以下のように確かめます。

$ ruby -rbio -e 'p Bio::Sequence::NA.new("ATG")'
"atg"

と表示されれば成功です。

プラグインのインストール

プラグインのインストールは以下の通りです。

pubmed.rb を misc/plugin へコピーし、「追記」->「設定」->「プラグイン選択」から pubmed.rb を選んでください。

表示例

http://itoshi.tv/d/?date=20050119#p06 を参照してくだい。

ローカルにBioRubyをインストールする場合

例えば、/home/itoshi/lib 以下にインストールした場合は、 .htaccessに SetEnv RUBYLIB /home/itoshi/lib と書くか、

index.rb, update.rb の #!/usr/bin/env ruby を #!/usr/bin/env ruby -I /home/itoshi/lib へ変更してください。